Subproteomic tools to increase genome annotation complexity
Subproteomic tools to increase genome annotation complexity
复制标题
提高基因组注释复杂性的亚蛋白质组工具
DOI：
10.1002/pmic.200800226
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发表时间：
2008-10-01
期刊：
影响因子：
3.4
通讯作者：
Jin, Qi
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wei, Candong;Peng, Junping;Jin, Qi
对短蛋白质编码基因进行全面而精确的注释一直是一项具有挑战性的任务。在这里，我们提出了一个新的设计，以促进以前被忽视的短蛋白编码基因的特性，通过整合鸟枪蛋白质组学方法和寡核苷酸阵列分析。以福氏志贺菌为模型，我们在蛋白质水平上验证了163个注释的ORF和51个假设或推定的转录本，并发现了4个新的短ORF。这一策略将大大有助于全面和准确的全基因组注释，并为我们了解原核生物基因组结构。
Comprehensive and precise annotations of short protein-coding genes are always a challenging task. Here we propose a new design to facilitate the characterization of previously overlooked short protein-coding genes by integrating a shotgun proteomics method and oligonucleotide array analysis. Using Shigella flexneri as a model, we validate 163 annotated ORFs and 51 hypothetical or putative transcripts at the protein level, and discover four novel short ORFs. This strategy will contribute significantly to comprehensive and accurate genome-wide annotation, and to our understanding of prokaryotic genome structure.