tsiR: An R package for time-series Susceptible-Infected-Recovered models of epidemics.
tsiR: An R package for time-series Susceptible-Infected-Recovered models of epidemics.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0185528
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发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Grenfell BT
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Becker AD;Grenfell BT
tsiR 是一个用 R 编程语言实现的开源软件包，旨在分析传染病时间序列数据。该软件扩展了经过充分研究和广泛应用的算法，即时间序列易感感染-感染恢复 (TSIR) 模型，以从发病数据推断参数，例如接触季节性，并向前模拟底层机制模型。 tsiR 包以用户友好的方式聚合了文献中先前描述的许多不同的拟合功能，为其在传染病研究中更广泛的采用提供了支持。 tsiR 中还包含许多用于评估 TSIR 模型拟合度的诊断工具。该软件包对于分析完全免疫传染病的发病数据的研究人员应该很有用。
tsiR is an open source software package implemented in the R programming language designed to analyze infectious disease time-series data. The software extends a well-studied and widely-applied algorithm, the time-series Susceptible-Infected-Recovered (TSIR) model, to infer parameters from incidence data, such as contact seasonality, and to forward simulate the underlying mechanistic model. The tsiR package aggregates a number of different fitting features previously described in the literature in a user-friendly way, providing support for their broader adoption in infectious disease research. Also included in tsiR are a number of diagnostic tools to assess the fit of the TSIR model. This package should be useful for researchers analyzing incidence data for fully-immunizing infectious diseases.
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影响因子：
1.8
作者：
Breto, Carles;He, Daihai;King, Aaron A.
通讯作者：
King, Aaron A.
影响因子：
6.1
作者：
de Roos, AM;Leonardsson, K;Mittelbach, GG
通讯作者：
Mittelbach, GG
DOI：
10.1098/rspa.1927.0118
发表时间：
1927-08-01
期刊：
PROCEEDINGS OF THE ROYAL SOCIETY OF LONDON SERIES A-CONTAINING PAPERS OF A MATHEMATICAL AND PHYSICAL CHARACTER
影响因子：
--
作者：
Kermack, WO;McKendrick, AG
通讯作者：
McKendrick, AG
DOI：
10.1098/rsif.2014.1125
发表时间：
2015-01-06
期刊：
Journal of the Royal Society, Interface
影响因子：
--
作者：
Caudron Q;Mahmud AS;Metcalf CJ;Gottfreðsson M;Viboud C;Cliff AD;Grenfell BT
通讯作者：
Grenfell BT
影响因子：
3.7
作者：
HOLLAND, PW;LEINHARDT, S
通讯作者：
LEINHARDT, S