Complete Chloroplast Genomes from Sanguisorba: Identity and Variation Among Four Species.
Complete Chloroplast Genomes from Sanguisorba: Identity and Variation Among Four Species.
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DOI：
10.3390/molecules23092137
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发表时间：
2018-08-24
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Sun W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Meng XX;Xian YF;Xiang L;Zhang D;Shi YH;Wu ML;Dong GQ;Ip SP;Lin ZX;Wu L;Sun W
地榆属植物在全世界约有30种，在中国有7种，是药用植物地榆的来源，地榆通常用作止血剂以及治疗烧伤和烫伤。本文报道了地榆属（Sanguisorba）四种植物的叶绿体基因组全序列。officinalis，S. filiformis、S. stipulata和S.细叶变种alba）。这4个地榆cp基因组具有典型的四方环状结构，长度为154，282 ~ 155，479 bp，由大的单拷贝区（LSC; 84，405 ~ 85，557 bp）、小的单拷贝区（SSC; 18，550 ~ 18，768 bp）和一对反向重复序列（IR; 25，576 ~ 25，615 bp）组成。平均GC含量为~ 37.24%。这四个地榆cp基因组包含112个以相同顺序排列的不同基因;如果IR区域中的重复基因仅计数一次，则这些相同部分包括78个蛋白质编码基因、30个tRNA基因和4个rRNA基因。在4个地榆属cp基因组中共鉴定出39-53个长重复序列和79-91个简单重复序列，为进一步开展地榆属药用植物群体遗传学研究提供了可能。最大简约法（MP）的系统发育分析强烈支持S。officinalis和S.细叶变种alba，其次为S. stipulata和S.丝状的这些cp基因组的可用性提供了宝贵的遗传信息，为未来的研究，地榆鉴定和提供见解的进化地榆属。
The genus Sanguisorba, which contains about 30 species around the world and seven species in China, is the source of the medicinal plant Sanguisorba officinalis, which is commonly used as a hemostatic agent as well as to treat burns and scalds. Here we report the complete chloroplast (cp) genome sequences of four Sanguisorba species (S. officinalis, S. filiformis, S. stipulata, and S. tenuifolia var. alba). These four Sanguisorba cp genomes exhibit typical quadripartite and circular structures, and are 154,282 to 155,479 bp in length, consisting of large single-copy regions (LSC; 84,405–85,557 bp), small single-copy regions (SSC; 18,550–18,768 bp), and a pair of inverted repeats (IRs; 25,576–25,615 bp). The average GC content was ~37.24%. The four Sanguisorba cp genomes harbored 112 different genes arranged in the same order; these identical sections include 78 protein-coding genes, 30 tRNA genes, and four rRNA genes, if duplicated genes in IR regions are counted only once. A total of 39–53 long repeats and 79–91 simple sequence repeats (SSRs) were identified in the four Sanguisorba cp genomes, which provides opportunities for future studies of the population genetics of Sanguisorba medicinal plants. A phylogenetic analysis using the maximum parsimony (MP) method strongly supports a close relationship between S. officinalis and S. tenuifolia var. alba, followed by S. stipulata, and finally S. filiformis. The availability of these cp genomes provides valuable genetic information for future studies of Sanguisorba identification and provides insights into the evolution of the genus Sanguisorba.
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