Aggregation of Kanamycin A: dimer formation with physiological cations
Aggregation of Kanamycin A: dimer formation with physiological cations
复制标题
卡那霉素 A 的聚集：与生理阳离子形成二聚体
DOI：
10.1007/s00894-011-0983-x
复制
发表时间：
2011
影响因子：
2.2
通讯作者：
B. Hartke
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
J. M. Dieterich;U. Gerstel;J.-M. Schröder;B. Hartke
迄今为止，全局簇几何优化主要集中在原子簇或紧凑分子簇上。我们在这里证明，当今的技术还可以全局优化扩展的柔性分子簇，并且此类研究与实验具有直接相关性。例如，最近的实验结果表明，铜绿假单胞菌可产生与卡那霉素 A (KA) 密切相关的较大氨基糖苷簇以及某些优选的生理阳离子。本研究通过对单体、裸二聚体以及钠钾阳离子二聚体的仔细检查，采用全局簇结构优化，结合力场、半经验方法、DFT 和从头算方法，为 KA 聚类提供了第一个理论支持。有趣的是，在这个阶段，理论结果已经支持了实验观察，即由于阳离子嵌入根本不同，KA 簇中钠阳离子优于钾阳离子。理论上预测的这些物种的核磁共振和红外光谱表明，应该可以通过实验检测此类簇中的聚集状态，甚至阳离子嵌入模式。图卡那霉素A
Global cluster geometry optimization has focused so far on clusters of atoms or of compact molecules. We are demonstrating here that present-day techniques also allow to globally optimize clusters of extended, flexible molecules, and that such studies have immediate relevance to experiment. For example, recent experimental findings point to production of larger clusters of an aminoglycoside closely related to Kanamycin A (KA), together with certain preferred physiological cations, byPseudomonas aeruginosa. The present study provides first theoretical support for KA clustering, with a close examination of the monomer, the bare dimer, and dimers with sodium and potassium cations, employing global cluster structure optimization, in conjunction with force fields, semiempirical methods, DFT and ab-initio approaches. Interestingly, already at this stage the theoretical findings support the experimental observation that sodium cations are preferred over potassium cations in KA clusters, due to fundamentally different cationic embedding. Theoretically predicted NMR and IR spectra for these species indicate that it should be possible to experimentally detect the aggregation state and even the cationic embedding mode in such clusters.FigureKanamycin A
登录
查看更多内容
卡那霉素 A 的晶体结构、构象和绝对构型。
影响因子：
3.1
作者：
Y. Puius;T. Stievater;T. Srikrishnan
通讯作者：
T. Srikrishnan
DOI：
10.1073/pnas.0610533104
发表时间：
2007-03-13
影响因子：
11.1
作者：
Huang, Lulu;Massa, Lou;Karle, Jerome
通讯作者：
Karle, Jerome
一些抗生素气相性质和结构的QM/MM模型研究：能量和NMR化学位移的比较
DOI：
10.1134/s0006297906130190
发表时间：
2006
期刊：
Biochemistry (Moscow)
影响因子：
--
作者：
M. Monajjemi;M. Heshmata;H. Haeria
通讯作者：
H. Haeria
影响因子：
3.9
作者：
Kopaczynska, M;Lauer, M;Fuhrhop, JH
通讯作者：
Fuhrhop, JH
影响因子：
7.3
作者：
Hermann, T;Westhof, E
通讯作者：
Westhof, E