Mesh Fragmentation Improves Dissociation Efficiency in Top-down Proteomics.
Mesh Fragmentation Improves Dissociation Efficiency in Top-down Proteomics.
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网格碎片化提高了自顶向下蛋白质组学中的解离效率。
DOI：
10.1021/jasms.0c00462
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发表时间：
2021-06-02
影响因子：
3.2
通讯作者：
Smith LM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lu L;Scalf M;Shortreed MR;Smith LM
自顶向下蛋白质组学是一种基于质谱的蛋白质组学技术。蛋白形式在全MS扫描中表现出多种高电荷状态和同位素形式。在不同的电荷状态和不同的碰撞能量下，蛋白形式的解离行为是高度可变的。目前广泛采用的数据依赖性采集（DDA）方法选择一个狭窄的m/z范围（对应于一个单一的proteoform电荷状态），从最丰富的前体解离。我们在这里描述网格，一种新的解离策略，解离一个proteoform多个碰撞能量的多个电荷状态。我们表明，网格策略有可能产生碎片离子，提高序列覆盖率，并提高自上而下的复杂样品的蛋白质组学分析的识别率。该策略在名为MetaDrive的开源仪器控制软件程序中实现，以执行真实的时间反卷积和前兆选择。
Top-down proteomics is a key mass spectrometry-based technology for comprehensive analysis of proteoforms. Proteoforms exhibit multiple high charge states and isotopic forms in full MS scans. The dissociation behavior of proteoforms in different charge states and subjected to different collision energies is highly variable. The current widely employed data-dependent acquisition (DDA) method selects a narrow m/z range (corresponding to a single proteoform charge state) for dissociation from the most abundant precursors. We describe here Mesh, a novel dissociation strategy, to dissociate multiple charge states of one proteoform with multiple collision energies. We show that the Mesh strategy has the potential to generate fragment ions with improved sequence coverage and improve identification ratios in top-down proteomic analyses of complex samples. The strategy is implemented within an open-source instrument control software program named MetaDrive to perform real time deconvolution and precursor selection.
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