Host transcriptional responses in nasal swabs identify potential SARS-CoV-2 infection in PCR negative patients.
Host transcriptional responses in nasal swabs identify potential SARS-CoV-2 infection in PCR negative patients.
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DOI：
10.1016/j.isci.2022.105310
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发表时间：
2022-11-18
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Meller, Robert
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Saravia-Butler, Amanda M.;Schisler, Jonathan C.;Taylor, Deanne;Beheshti, Afshin;Butler, Dan;Meydan, Cem;Foox, Jonathon;Hernandez, Kyle;Mozsary, Chris;Mason, Christopher E.;Meller, Robert
我们分析了用于SARS-CoV-2检测的鼻拭子的RNA测序数据。在317份PCR阴性样本中，13%的样本含有超过100个与SARS-CoV-2基因组多个区域对齐的读段。差异基因表达分析将潜在假阴性（FN：PCR阴性，测序阳性）样本中的宿主基因表达与具有多种SARS-CoV-2病毒载量的受试者进行比较。FN样品中的宿主转录应答与真阴性样品（PCR和测序阴性）不同，与低病毒载量样品相似。基因本体论分析显示，基因表达中的病毒载量依赖性变化在功能上是不同的; 23种常见途径包括对病毒感染的反应和相关的免疫反应。GO分析揭示FN样品与高病毒载量样品具有高重叠。RNA-seq数据的解卷积显示了跨病毒载量的相似细胞含量。因此，鼻拭子的转录组分析提供了鉴定SARS-CoV-2感染的额外水平。鼻拭子RNA分析可识别PCR阴性样本中的SARS-CoV-2感染宿主对SARS-CoV-2感染的反应是双相的GO分析可识别常见的生物学反应，无论SARS-CoV-2病毒载量如何生物科学;免疫学;病毒学;转录组学
We analyzed RNA sequencing data from nasal swabs used for SARS-CoV-2 testing. 13% of 317 PCR-negative samples contained over 100 reads aligned to multiple regions of the SARS-CoV-2 genome. Differential gene expression analysis compares the host gene expression in potential false-negative (FN: PCR negative, sequencing positive) samples to subjects with multiple SARS-CoV-2 viral loads. The host transcriptional response in FN samples was distinct from true negative samples (PCR & sequencing negative) and similar to low viral load samples. Gene Ontology analysis shows viral load-dependent changes in gene expression are functionally distinct; 23 common pathways include responses to viral infections and associated immune responses. GO analysis reveals FN samples had a high overlap with high viral load samples. Deconvolution of RNA-seq data shows similar cell content across viral loads. Hence, transcriptome analysis of nasal swabs provides an additional level of identifying SARS-CoV-2 infection. Nasal swab RNA analysis identifies SARS-CoV-2 infection in PCR-negative samples Host responses to SARS-CoV-2 infection are biphasic GO analysis identifies common biological responses regardless of SARS-CoV-2 viral load Biological sciences; Immunology; Virology; Transcriptomics
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