Loss of connectivity in cancer co-expression networks.
Loss of connectivity in cancer co-expression networks.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0087075
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Ancona N
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Anglani R;Creanza TM;Liuzzi VC;Piepoli A;Panza A;Andriulli A;Ancona N
差异基因表达谱研究已经导致了几种疾病生物标志物的鉴定。然而，编码区的致癌改变可以改变基因功能而不影响其自身的表达谱。此外，翻译后修饰可以改变编码蛋白的活性，而不改变编码基因的表达水平，但引起受调控基因的表达水平的变化。这些考虑激发了对网络共表达基因的重新布线的研究，作为上述改变的结果，以补充差异表达的信息内容。我们分析了五种不同癌症类型的339个mRNAomes，以发现在正常和肿瘤表型之间存在强烈差异的共表达模式的单个基因。我们对差异连接基因的分析表明，连接性的丧失是癌症网络的一个常见拓扑特征，并揭示了新的候选癌症基因。此外，我们将差异表达与差异连接性结合在一起的综合方法改进了经典富集途径分析，为尚未充分研究的推定癌症基因生物系统提供了新的见解。
Differential gene expression profiling studies have lead to the identification of several disease biomarkers. However, the oncogenic alterations in coding regions can modify the gene functions without affecting their own expression profiles. Moreover, post-translational modifications can modify the activity of the coded protein without altering the expression levels of the coding gene, but eliciting variations to the expression levels of the regulated genes. These considerations motivate the study of the rewiring of networks co-expressed genes as a consequence of the aforementioned alterations in order to complement the informative content of differential expression. We analyzed 339 mRNAomes of five distinct cancer types to find single genes that presented co-expression patterns strongly differentiated between normal and tumor phenotypes. Our analysis of differentially connected genes indicates the loss of connectivity as a common topological trait of cancer networks, and unveils novel candidate cancer genes. Moreover, our integrated approach that combines the differential expression together with the differential connectivity improves the classic enrichment pathway analysis providing novel insights on putative cancer gene biosystems not still fully investigated.
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影响因子：
4.3
作者：
Hudson NJ;Reverter A;Dalrymple BP
通讯作者：
Dalrymple BP
影响因子：
14.9
作者：
Kanehisa M;Goto S;Sato Y;Furumichi M;Tanabe M
通讯作者：
Tanabe M
DOI：
10.1038/nrc1299
发表时间：
2004-03
期刊：
Nature reviews. Cancer
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y
影响因子：
7.3
作者：
James RG;Biechele TL;Conrad WH;Camp ND;Fass DM;Major MB;Sommer K;Yi X;Roberts BS;Cleary MA;Arthur WT;MacCoss M;Rawlings DJ;Haggarty SJ;Moon RT
通讯作者：
Moon RT