SMAP – A Modular Superresolution Microscopy Analysis Platform for SMLM Data
SMAP – A Modular Superresolution Microscopy Analysis Platform for SMLM Data
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SMAP – 用于 SMLM 数据的模块化超分辨率显微镜分析平台
DOI：
10.1101/2020.07.24.219188
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
J. Ries
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
J. Ries
从单分子定位显微镜（SMLM）中闪烁荧光团的原始数据重建超分辨图像需要大量的数据分析。当前的软件解决方案往往缺乏功能性，缺乏持续的开发，并且不能轻易地用自己的算法进行扩展。在这里，我们作为开源发布了一个全面的SMLM超分辨率显微镜分析平台（SMAP）。它的模块化架构使得任何有基本编程经验的人都可以轻松地添加自己的插件，将开发工作限制在实现算法上。它有一个自由配置的图形用户界面（GUI），目前包含超过200个插件，涵盖了从单分子装配到后处理、渲染和高级定量分析的所有数据分析步骤。SMAP是一个功能强大的、可用于SMLM数据分析所有步骤的现成软件包，它使任何人都可以使用最先进的算法和复杂的分析工作流，并为开发人员提供了一个共享和发布新的SMLM算法的通用平台。
Reconstruction of superresolved images from the raw data of blinking fluorophores in single-molecule localization microscopy (SMLM) requires extensive data analysis. Current software solutions often lack functionality, continuous development and cannot easily be extended with own algorithms. Here we release as open source a comprehensive Superresolution Microscopy Analysis Platform (SMAP) for SMLM. Its modular architecture makes it easy for anyone with basic programming experience to add own plugins, limiting development effort to implementing algorithms. It has a freely configurable graphical user interface (GUI) and currently contains more than 200 plugins spanning all steps of data analysis from single molecule fitting to post-processing, rendering and advanced quantitative analyses. SMAP is a powerful, ready-to-use software package for all steps of SMLM data analysis, that enables anyone to use state-of-the art algorithms and complex analysis workflows and that provides a versatile platform for developers to share and publish new SMLM algorithms.
影响因子：
14.8
作者：
Schnitzbauer, Joerg;Strauss, Maximilian T.;Jungmann, Ralf
通讯作者：
Jungmann, Ralf