Methylation-specific MLPA (MS-MLPA): simultaneous detection of CpG methylation and copy number changes of up to 40 sequences.
Methylation-specific MLPA (MS-MLPA): simultaneous detection of CpG methylation and copy number changes of up to 40 sequences.
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DOI：
10.1093/nar/gni127
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发表时间：
2005-08-16
影响因子：
14.9
通讯作者：
Errami A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nygren AO;Ameziane N;Duarte HM;Vijzelaar RN;Waisfisz Q;Hess CJ;Schouten JP;Errami A
各种基因的拷贝数变化和CpG甲基化是肿瘤发展的标志，但尚未广泛用于诊断环境。最近开发的多重连接依赖探针扩增（MLPA）方法增加了在常规实验室中多重检测基因拷贝数畸变的可能性。在这里，我们描述了一种新的强大的方法：甲基化特异性MLPA（MS-MLPA），可以在一个简单的反应中检测CpG甲基化以及多达40个染色体序列的拷贝数的变化。在MS-MLPA中，MLPA探针寡核苷酸的连接与用甲基化敏感性核酸内切酶消化基因组DNA-探针杂交复合物相结合。基因组DNA-探针复合物的消化，而不是双链基因组DNA，允许使用来自福尔马林处理的石蜡包埋的组织样品的DNA，使得能够进行回顾性研究。为了验证这种新方法，我们使用MS-MLPA检测Prader-Willy综合征、Angelman综合征或急性髓性白血病患者DNA样本中的异常甲基化。
Copy number changes and CpG methylation of various genes are hallmarks of tumor development but are not yet widely used in diagnostic settings. The recently developed multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) method has increased the possibilities for multiplex detection of gene copy number aberrations in a routine laboratory. Here we describe a novel robust method: the methylation-specific MLPA (MS-MLPA) that can detect changes in both CpG methylation as well as copy number of up to 40 chromosomal sequences in a simple reaction. In MS-MLPA, the ligation of MLPA probe oligonucleotides is combined with digestion of the genomic DNA–probe hybrid complexes with methylation-sensitive endonucleases. Digestion of the genomic DNA–probe complex, rather than double-stranded genomic DNA, allowed the use of DNA derived from the formalin treated paraffin-embedded tissue samples, enabling retrospective studies. To validate this novel method, we used MS-MLPA to detect aberrant methylation in DNA samples of patients with Prader–Willy syndrome, Angelman syndrome or acute myeloid leukemia.
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DOI：
10.1073/pnas.93.18.9821
发表时间：
1996-09-03
影响因子：
11.1
作者：
Herman, JG;Graff, JR;Baylin, SB
通讯作者：
Baylin, SB
影响因子：
8.8
作者：
Gille, JJP;Hogervorst, FBL;Pals, G;Wijnen, JT;van Schooten, RJ;Dommering, CJ;Meijer, GA;Craanen, ME;Nederlof, PM;de Jong, D;McElgunn, CJ;Schouten, JP;Menko, FH
通讯作者：
Menko, FH
影响因子：
45.3
作者：
Chim, CS;Liang, R;Kwong, YL
通讯作者：
Kwong, YL
DOI：
10.1089/gte.2004.8.248
发表时间：
2004-09-01
期刊：
GENETIC TESTING
影响因子：
--
作者：
Meuller, J;Kanter-Smoler, G;Nordling, M
通讯作者：
Nordling, M
影响因子：
14.9
作者：
Gonzalgo, ML;Jones, PA
通讯作者：
Jones, PA