Successes and limitations of quantitative diet metabarcoding in a small, herbivorous mammal
Successes and limitations of quantitative diet metabarcoding in a small, herbivorous mammal
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小型草食哺乳动物定量饮食元条形码的成功和局限性
DOI：
10.1111/1755-0998.13643
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发表时间：
2022
影响因子：
7.7
通讯作者：
Dearing, M. Denise
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Stapleton, Tess E.;Weinstein, Sara B.;Greenhalgh, Robert;Dearing, M. Denise
DNA元条形码被广泛用于确定野生动物的饮食，但这项技术是否提供准确的定量测量仍在争论中。为了测试我们使用元条形码准确估计膳食项目丰度的能力，我们喂食野生捕获的沙漠林鼠（Neotoma lepida）饮食，其由恒定量的杜松（Juniperus osteosperma，15%）和不同量的杂酚油（Larrea tridentata，1%-60%）、仙人掌（Opuntiasp.，0%-100%）和市售食物（0%-85%）。使用元条形码，我们将原始饮食样本中的项目表示与粪便样本中的项目表示进行比较，以测试饮食元条形码的灵敏度和准确性，不同生物信息学管道的性能以及我们纠正序列计数的能力。使用标准的trnL引物进行元条形码编码，检测到杂酚油、杜松和松油。用于分配分类的不同管道执行类似的操作。虽然杂酚油是可检测的饮食比例低至1%，我们未能检测到仙人掌在大多数样品中，可能是由于引物不匹配。杂酚油读数随着其在饮食中的比例增加而增加，我们可以区分杂酚油是饮食中的次要成分和主要成分。然而，我们发现杜松和杂酚油的估计值各不相同。使用以前建议的方法来纠正这些错误并没有提高杂酚油的准确性估计，但确实减少了杜松和chow的错误。我们的研究结果表明，元条码可以提供定量信息的膳食组成，但可能是有限的。我们建议研究人员在定量解释饮食元条形码结果时要谨慎，除非他们首先通过实验确定可能的偏倚程度。
DNA metabarcoding is widely used to determine wild animal diets, but whether this technique provides accurate, quantitative measurements is still under debate. To test our ability to accurately estimate the abundance of dietary items using metabarcoding, we fed wild‐caught desert woodrats (Neotoma lepida) diets consisting of constant amounts of juniper (Juniperus osteosperma, 15%) and varying amounts of creosote (Larrea tridentata, 1%–60%), cactus (Opuntiasp., 0%–100%) and commercial chow (0%–85%). Using metabarcoding, we compared the representation of items in the original diet samples to that in the faecal samples to test the sensitivity and accuracy of diet metabarcoding, the performance of different bioinformatic pipelines and our ability to correct sequence counts. Metabarcoding, using standardtrnLprimers, detected creosote, juniper and chow. Different pipelines for assigning taxonomy performed similarly. While creosote was detectable at dietary proportions as low as 1%, we failed to detect cactus in most samples, probably due to a primer mismatch. Creosote read counts increased as its proportion in the diet increased, and we could differentiate when creosote was a minor and major component of the diet. However, we found that estimates of juniper and creosote varied. Using previously suggested methods to correct these errors did not improve accuracy estimates of creosote, but did reduce error for juniper and chow. Our results indicate that metabarcoding can provide quantitative information on dietary composition, but may be limited. We suggest that researchers use caution when quantitatively interpreting diet metabarcoding results unless they first experimentally determine the extent of possible biases.
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影响因子：
--
作者：
D. Lafage;Vasco Elbrecht;J. Cuff;D. Steinke;P. Hambäck;A. Erlandsson
通讯作者：
D. Lafage;Vasco Elbrecht;J. Cuff;D. Steinke;P. Hambäck;A. Erlandsson
影响因子：
1.7
作者：
Burns, JM;Trumble, SJ;Testa, JW
通讯作者：
Testa, JW
影响因子：
1.7
作者：
Bergstrom, Bradley J.
通讯作者：
Bergstrom, Bradley J.
影响因子：
6.8
作者：
AKAIKE, H
通讯作者：
AKAIKE, H
使用显微组织学技术比较草原土拨鼠胃内容物和粪便
DOI：
--
发表时间：
1982
期刊：
影响因子：
--
作者：
Paula Rogers Wydeven;R. B. Dahlgren
通讯作者：
R. B. Dahlgren