Experimental RNomics and genomic comparative analysis reveal a large group of species-specific small non-message RNAs in the silkworm Bombyx mori.
Experimental RNomics and genomic comparative analysis reveal a large group of species-specific small non-message RNAs in the silkworm Bombyx mori.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gkq1317
复制
发表时间：
2011-05
影响因子：
14.9
通讯作者：
Kan Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li D;Wang Y;Zhang K;Jiao Z;Zhu X;Skogerboe G;Guo X;Chinnusamy V;Bi L;Huang Y;Dong S;Chen R;Kan Y
越来越多的证据表明，小分子非蛋白质编码RNA（ncRNA）在发育、应激反应等细胞过程中发挥着重要作用。家蚕是昆虫遗传学研究和鳞翅目害虫防治的重要模式动物。在这里，我们已经进行了第一次系统的鉴定和分析的中间大小的ncRNA（50-500 nt）的家蚕。我们鉴定了189个新的ncRNA，包括141个snoRNA，6个snRNA，3个tRNA，1个SRP和38个未分类的ncRNA。40个ncRNA在家蚕发育过程中或在特定阶段过渡期间表现出显着改变的表达。基因组比较显示，这些ncRNA中有123个可能是蚕特异性的。ncRNA基因座的基因组组织分析表明，32.62%的新的snoRNA基因座是基因间的，并且所有的内含子snoRNA遵循一个snoRNA-每个内含子的模式。靶位点分析预测了rRNA、snRNA和tRNA共95个2′-O-甲基化和假尿苷化修饰位点。这些发现为今后昆虫发育和进化过程中ncRNA的功能研究提供了新的线索。
Accumulating evidences show that small non-protein coding RNAs (ncRNAs) play important roles in development, stress response and other cellular processes. The silkworm is an important model for studies on insect genetics and control of lepidopterous pests. Here, we have performed the first systematic identification and analysis of intermediate size ncRNAs (50–500 nt) in the silkworm. We identified 189 novel ncRNAs, including 141 snoRNAs, six snRNAs, three tRNAs, one SRP and 38 unclassified ncRNAs. Forty ncRNAs showed significantly altered expression during silkworm development or across specific stage transitions. Genomic comparisons revealed that 123 of these ncRNAs are potentially silkworm-specific. Analysis of the genomic organization of the ncRNA loci showed that 32.62% of the novel snoRNA loci are intergenic, and that all the intronic snoRNAs follow the pattern of one-snoRNA-per-intron. Target site analysis predicted a total of 95 2′-O-methylation and pseudouridylation modification sites of rRNAs, snRNAs and tRNAs. Together, these findings provide new clues for future functional study of ncRNA during insect development and evolution.
登录
查看更多内容
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
4.5
作者：
Huang, ZP;Zhou, H;Qu, LH
通讯作者：
Qu, LH
影响因子：
16
作者：
Bouvier, Marie;Sharma, Cynthia M.;Vogel, Joerg
通讯作者：
Vogel, Joerg
影响因子：
10.5
作者：
Babiarz, Joshua E.;Ruby, J. Graham;Blelloch, Robert
通讯作者：
Blelloch, Robert
影响因子：
7
作者：
Ben Amor, Besma;Wirth, Sonia;Crespi, Martin
通讯作者：
Crespi, Martin