Functional group and substructure searching as a tool in metabolomics.
Functional group and substructure searching as a tool in metabolomics.
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功能组和子结构搜索作为代谢组学的工具。
DOI：
10.1371/journal.pone.0001537
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发表时间：
2008-02-06
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Tipton, Keith F.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kotera, Masaaki;McDonald, Andrew G.;Boyce, Sinead;Tipton, Keith F.
化合物的名称和结构与其中包含的官能团之间的直接联系是很重要的，不仅因为生化学家经常依赖使用自由文本格式的文献来描述官能团，而且因为代谢模型依赖于已知的酶和底物之间的联系，并适当地存储在数据库中。我们开发了一个名为“生化子结构搜索目录”（BiSSCat）的数据库，其中包含489个官能团，1,000,000个化合物和1,000,000个不同的计算构建的子结构，以便识别生物学感兴趣的化学化合物。该数据库及其相关的基于web的搜索程序（http://bisscat.org/）可用于查找包含子结构和官能团的选定组合的化合物。它可用于确定已知酶和基因组计划中发现的假定酶的可能的附加底物。并讨论了其在酶抑制剂设计中的应用。
A direct link between the names and structures of compounds and the functional groups contained within them is important, not only because biochemists frequently rely on literature that uses a free-text format to describe functional groups, but also because metabolic models depend upon the connections between enzymes and substrates being known and appropriately stored in databases. We have developed a database named “Biochemical Substructure Search Catalogue” (BiSSCat), which contains 489 functional groups, >200,000 compounds and >1,000,000 different computationally constructed substructures, to allow identification of chemical compounds of biological interest. This database and its associated web-based search program (http://bisscat.org/) can be used to find compounds containing selected combinations of substructures and functional groups. It can be used to determine possible additional substrates for known enzymes and for putative enzymes found in genome projects. Its applications to enzyme inhibitor design are also discussed.
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影响因子：
14.9
作者：
Ellis LB;Roe D;Wackett LP
通讯作者：
Wackett LP
影响因子：
2.9
作者：
Antal, J;Pál, G;Gráf, L
通讯作者：
Gráf, L
DOI：
10.1021/ci00015a015
发表时间：
1993-09-01
期刊：
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND COMPUTER SCIENCES
影响因子：
--
作者：
BUSH, BL;SHERIDAN, RP
通讯作者：
SHERIDAN, RP
影响因子：
3.5
作者：
Chen, Beining;Harrison, Robert F.;Stiefl, Nikolaus
通讯作者：
Stiefl, Nikolaus
DOI：
10.1021/ci970437z
发表时间：
1998-05-01
期刊：
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND COMPUTER SCIENCES
影响因子：
--
作者：
Flower, DR
通讯作者：
Flower, DR