Simulation-based comprehensive benchmarking of RNA-seq aligners.
Simulation-based comprehensive benchmarking of RNA-seq aligners.
复制标题
DOI：
10.1038/nmeth.4106
复制
发表时间：
2017-03
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Grant GR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Baruzzo G;Hayer KE;Kim EJ;Di Camillo B;FitzGerald GA;Grant GR
比对是大多数RNA-seq分析管道的第一步，下游分析的准确性在很大程度上取决于它。与管道中的大多数步骤不同，校准特别适用于模拟数据的基准测试。我们对14种常见的拼接感知校准器进行了全面的基准测试，以确定碱基、读取和外显子连接级别的准确性，并将默认参数与优化参数进行了比较。我们发现，表现因基因组复杂性而异，准确性和受欢迎程度相关性很差。最广泛引用的工具在大多数指标上表现不佳，特别是在使用默认设置时。
Alignment is the first step in most RNA-seq analysis pipelines, and the accuracy of downstream analyses depends heavily on it. Unlike most steps in the pipeline, alignment is particularly amenable to benchmarking with simulated data. We performed a comprehensive benchmarking of 14 common splice-aware aligners for base, read, and exon junction-level accuracy and compared default with optimized parameters. We found that performance varied by genome complexity, and accuracy and popularity were poorly correlated. The most widely cited tool underperforms for most metrics, particularly when using default settings.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Wang K;Singh D;Zeng Z;Coleman SJ;Huang Y;Savich GL;He X;Mieczkowski P;Grimm SA;Perou CM;MacLeod JN;Chiang DY;Prins JF;Liu J
通讯作者：
Liu J
影响因子：
48
作者：
Engstrom, Par G.;Steijger, Tamara;Sipos, Botond;Grant, Gregory R.;Kahles, Andre;Raetsch, Gunnar;Goldman, Nick;Hubbard, Tim J.;Harrow, Jennifer;Guigo, Roderic;Bertone, Paul
通讯作者：
Bertone, Paul
影响因子：
12.3
作者：
Philippe, Nicolas;Salson, Mikael;Rivals, Eric
通讯作者：
Rivals, Eric
DOI：
10.1093/bioinformatics/btv488
发表时间：
2015-12-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Hayer KE;Pizarro A;Lahens NF;Hogenesch JB;Grant GR
通讯作者：
Grant GR
影响因子：
5.8
作者：
Grant, Gregory R.;Farkas, Michael H.;Pierce, Eric A.
通讯作者：
Pierce, Eric A.