TIBA: a tool for phylogeny inference from rearrangement data with bootstrap analysis
TIBA: a tool for phylogeny inference from rearrangement data with bootstrap analysis
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bts603
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发表时间：
2012-12-01
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Moret, Bernard M. E.
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Lin, Yu;Rajan, Vaibhav;Moret, Bernard M. E.
TIBA是一种从重排数据重建系统发育树的工具，重排数据由同线块（或基因）的有序列表组成，其中每个同线块与输入基因组中的所有同源物共享。这些同线性块的演变，通过重排操作，是由统一的双切割和连接模型建模。使用该模型下的真实距离估计和简单的基于距离的方法，TIBA重建输入基因组的同源性。与任何以前的工具，从重排数据中推断出的bridgenies，TIBA使用新的方法的鲁棒性估计，以提供支持值的边缘推断树。
TIBA is a tool to reconstruct phylogenetic trees from rearrangement data that consist of ordered lists of synteny blocks (or genes), where each synteny block is shared with all of its homologues in the input genomes. The evolution of these synteny blocks, through rearrangement operations, is modelled by the uniform Double-Cut-and-Join model. Using a true distance estimate under this model and simple distance-based methods, TIBA reconstructs a phylogeny of the input genomes. Unlike any previous tool for inferring phylogenies from rearrangement data, TIBA uses novel methods of robustness estimation to provide support values for the edges in the inferred tree.