SwissDock, a protein-small molecule docking web service based on EADock DSS.
SwissDock, a protein-small molecule docking web service based on EADock DSS.
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Swissdock，一种基于Eadock DSS的蛋白质小分子对接Web服务。
DOI：
10.1093/nar/gkr366
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发表时间：
2011-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Michielin O
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Grosdidier A;Zoete V;Michielin O
大多数生命科学过程都涉及原子尺度上的两个分子之间的识别。通过所谓的对接软件在分子水平上预测这种相互作用是一项重要的任务。对接程序具有从蛋白质工程到药物设计的广泛应用。本文介绍了SwissDock，一个专门用于小分子与靶蛋白对接的Web服务器。它基于EADock DSS引擎，结合用于管理常见问题和准备靶蛋白和配体输入文件的设置脚本。设计并实现了一个高效的Ajax/HTML接口，以便科学家可以轻松地提交对接和检索预测的复合物。对于自动对接任务，已经建立了一个编程SOAP接口，可以下载Perl、Python和PHP的模板程序。该网站还提供了一个基于配体蛋白质数据库的人工管理复合物数据库。社区提供了一个wiki和一个论坛，以促进用户之间的互动。SwissDock的网站可以在http://www.swissdock.ch上找到。我们相信它是在传统的分子建模社区之外推广对接工具的一步。
Most life science processes involve, at the atomic scale, recognition between two molecules. The prediction of such interactions at the molecular level, by so-called docking software, is a non-trivial task. Docking programs have a wide range of applications ranging from protein engineering to drug design. This article presents SwissDock, a web server dedicated to the docking of small molecules on target proteins. It is based on the EADock DSS engine, combined with setup scripts for curating common problems and for preparing both the target protein and the ligand input files. An efficient Ajax/HTML interface was designed and implemented so that scientists can easily submit dockings and retrieve the predicted complexes. For automated docking tasks, a programmatic SOAP interface has been set up and template programs can be downloaded in Perl, Python and PHP. The web site also provides an access to a database of manually curated complexes, based on the Ligand Protein Database. A wiki and a forum are available to the community to promote interactions between users. The SwissDock web site is available online at http://www.swissdock.ch. We believe it constitutes a step toward generalizing the use of docking tools beyond the traditional molecular modeling community.
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