Expression of mouse Dab2ip transcript variants and gene methylation during brain development.
Expression of mouse Dab2ip transcript variants and gene methylation during brain development.
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大脑发育过程中小鼠 Dab2ip 转录变体的表达和基因甲基化。
DOI：
10.1016/j.gene.2015.05.012
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发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
3.5
通讯作者：
Homayouni,Ramin
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Salami,Farimah;Qiao,Shuhong;Homayouni,Ramin
Dab 2 ip（DOC-2/DAB 2相互作用蛋白）是一种RasGAP蛋白，其在人前列腺癌细胞系中显示出生长抑制作用。最近的研究表明，Dab 2 ip在脑发育过程中还在调节树突发育和神经元迁移方面发挥重要作用。本研究对小鼠Dab 2 ip（mDab 2 ip）基因位点进行了较为完整的描述，并检测了Dab 2 ip在小脑发育过程中的DNA甲基化和表达。在公共数据库中的cDNA序列分析显示，共有20个可能的外显子formDab 2 ipgene，跨越超过172 kb。利用FANTOM 5项目的CAGE数据，我们推断出Dab 2 ip的5个不同的转录起始位点。在这里，我们的特点是三个不同的mDab 2 iptranscript变体开始外显子1。这些成绩单的存在或不存在的外显子3和5，编码一个假定的核定位信号和N-末端区域的PH结构域，分别不同。Dab 2 ip基因5′端含有3个CpG岛（CpG 131、CpG 54和CpG 85）。有趣的是，CpG 54和CpG 85位于外显子3和5上。硫酸氢盐DNA测序结果显示，在小脑发育过程中，CpG 54的甲基化水平保持不变，而CpG 85的甲基化水平增加。Real-time PCR分析显示，在小脑发育过程中，含有PH结构域的mDab 2 ip转录本的比例增加，与CpG 85甲基化的增加相关。这些数据表明，在小脑发育过程中的位点特异性甲基化ofmDab 2 ip基因可能发挥作用，在包含外显子5，导致Dab 2 ip转录变体，编码一个完整的普列克底物蛋白同源性（PH）域。
Dab2ip (DOC-2/DAB2 interacting protein) is a RasGAP protein which shows a growth-inhibitory effect in human prostate cancer cell lines. Recent studies have shown that Dab2ip also plays an important role in regulating dendrite development and neuronal migration during brain development. In this study, we provide a more complete description of the mouseDab2ip(mDab2ip) gene locus and examined DNA methylation and expression ofDab2ipduring cerebellar development. Analysis of cDNA sequences in public databases revealed a total of 20 possible exons formDab2ipgene, spanning over 172 kb. Using Cap Analysis of Gene Expression (CAGE) data available through FANTOM5 project, we deduced five different transcription start sites formDab2ip. Here, we characterized three differentmDab2iptranscript variants beginning with exon 1. These transcripts varied by the presence or absence of exons 3 and 5, which encode a putative nuclear localization signal and the N-terminal region of a PH-domain, respectively. The 5′ region of themDab2ipgene contains three putative CpG islands (CpG131, CpG54, and CpG85). Interestingly, CpG54 and CpG85 are localized on exons 3 and 5. Bisulfate DNA sequencing showed that methylation level of CpG54 remained constant whereas methylation of CpG85 increased during cerebellar development. Real-time PCR analysis showed that the proportion of PH-domain containingmDab2iptranscripts increased during cerebellar development, in correlation with the increase in CpG85 methylation. These data suggest that site-specific methylation ofmDab2ipgene during cerebellar development may play a role in inclusion of exon 5, resulting in a Dab2ip transcript variant that encodes a full pleckstrin homology (PH) domain.
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DOI：
10.1172/jci17790
发表时间：
2003-06
期刊：
The Journal of clinical investigation
影响因子：
--
作者：
Rong Zhang;Xiangrong He;Weiming Liu;Meng Lu;J. Hsieh;W. Min
通讯作者：
Rong Zhang;Xiangrong He;Weiming Liu;Meng Lu;J. Hsieh;W. Min
影响因子：
56.9
作者：
Nimnual, AS;Yatsula, BA;Bar-Sagi, D
通讯作者：
Bar-Sagi, D
平行纤维浦肯野细胞突触处囊泡谷氨酸转运蛋白的发育转换。
DOI：
--
发表时间：
2003
期刊：
Eur. J. Neurosci 17
影响因子：
--
作者：
Miyazaki;T.;Fukaya;M.;Shimizu;H;Watanabe;M.
通讯作者：
M.
影响因子：
5.3
作者：
Ma, AD;Metjian, A;Abrams, CS
通讯作者：
Abrams, CS
影响因子：
56.9
作者：
Han, JW;Luby-Phelps, K;Broek, D
通讯作者：
Broek, D