iDREM: Interactive visualization of dynamic regulatory networks.
iDREM: Interactive visualization of dynamic regulatory networks.
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iDREM：动态监管网络的交互式可视化。
DOI：
10.1371/journal.pcbi.1006019
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发表时间：
2018-03
影响因子：
4.3
通讯作者：
Bar-Joseph Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ding J;Hagood JS;Ambalavanan N;Kaminski N;Bar-Joseph Z
动态调控事件挖掘器（DREM）软件通过整合静态蛋白质- dna相互作用数据和时间序列基因表达数据来重建动态调控网络。近年来，在研究生物过程时，已经分析了几种其他类型的高通量时间序列数据，包括时间序列miRNA表达、蛋白质组学、表观基因组学和单细胞RNA-Seq。将所有可用的时间序列和静态数据集结合在一个统一的模型中仍然是一个重要的挑战和目标。为了应对这一挑战，我们开发了一个新版本的DREM，称为交互式DREM （iDREM）。iDREM提供了对上述所有数据类型的支持，并将它们与现有的交互数据相结合，以重建网络，从而可以对调节器的功能和时间提出新的假设。用户可以交互式地可视化和查询结果模型。我们通过将其应用于来自多个实验室的小胶质细胞发育数据来展示新工具的功能。
The Dynamic Regulatory Events Miner (DREM) software reconstructs dynamic regulatory networks by integrating static protein-DNA interaction data with time series gene expression data. In recent years, several additional types of high-throughput time series data have been profiled when studying biological processes including time series miRNA expression, proteomics, epigenomics and single cell RNA-Seq. Combining all available time series and static datasets in a unified model remains an important challenge and goal. To address this challenge we have developed a new version of DREM termed interactive DREM (iDREM). iDREM provides support for all data types mentioned above and combines them with existing interaction data to reconstruct networks that can lead to novel hypotheses on the function and timing of regulators. Users can interactively visualize and query the resulting model. We showcase the functionality of the new tool by applying it to microglia developmental data from multiple labs.
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作者：
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