link-ancestors: fast simulation of local ancestry with tree sequence software.
link-ancestors: fast simulation of local ancestry with tree sequence software.
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DOI：
10.1093/bioadv/vbad163
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发表时间：
2023
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文献类型：
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在一个适合于基于模拟的推理的规模上模拟真实的遗传谱系是具有挑战性的。我们提出了一种算法，可以有效地从由mprime和SLiM模拟产生的树序列中提取这些信息。链接祖先算法的基于c的实现在tskit （https://tskit.dev/tskit/docs/stable/）中。我们还在tspop（一个基于python的实用程序包）中为链接祖先提供了一个用户友好的包装器。
It is challenging to simulate realistic tracts of genetic ancestry on a scale suitable for simulation-based inference. We present an algorithm that enables this information to be extracted efficiently from tree sequences produced by simulations run with msprime and SLiM. A C-based implementation of the link-ancestors algorithm is in tskit (https://tskit.dev/tskit/docs/stable/). We also provide a user-friendly wrapper for link-ancestors in tspop, a Python-based utility package.
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影响因子：
4.3
作者：
Kelleher J;Etheridge AM;McVean G
通讯作者：
McVean G
影响因子：
3.3
作者：
Ralph，Peter;Thornton，Kevin;Kelleher，Jerome
通讯作者：
Kelleher，Jerome
影响因子：
3.3
作者：
Baumdicker, Franz;Bisschop, Gertjan;Goldstein, Daniel;Gower, Graham;Ragsdale, Aaron P.;Tsambos, Georgia;Zhu, Sha;Eldon, Bjarki;Ellerman, E. Castedo;Galloway, Jared G.;Gladstein, Ariella L.;Gorjanc, Gregor;Guo, Bing;Jeffery, Ben;Kretzschumar, Warren W.;Lohse, Konrad;Matschiner, Michael;Nelson, Dominic;Pope, Nathaniel S.;Quinto-Cortes, Consuelo D.;Rodrigues, Murillo F.;Saunack, Kumar;Sellinger, Thibaut;Thornton, Kevin;van Kemenade, Hugo;Wohns, Anthony W.;Wong, Yan;Gravel, Simon;Kern, Andrew D.;Koskela, Jere;Ralph, Peter L.;Kelleher, Jerome
通讯作者：
Kelleher, Jerome
影响因子：
10.7
作者：
Haller, Benjamin C.;Messer, Philipp W.
通讯作者：
Messer, Philipp W.
影响因子：
7.7
作者：
Schumer, Molly;Powell, Daniel L.;Corbett-Detig, Russ
通讯作者：
Corbett-Detig, Russ