Rapid scoring of genes in microbial pan-genome-wide association studies with Scoary.
Rapid scoring of genes in microbial pan-genome-wide association studies with Scoary.
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DOI：
10.1186/s13059-016-1108-8
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发表时间：
2016-11-25
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Eldholm V
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Brynildsrud O;Bohlin J;Scheffer L;Eldholm V
全基因组关联研究（GWAS）已成为人类医学和基因组学中不可或缺的研究，但很少在细菌上进行。在这里，我们介绍了Scoary，一个超快速，易于使用，广泛适用的软件工具，评分的泛基因组的组成部分的协会观察到的表型性状，同时占人口分层，与进化过程的假设最少。我们将我们的方法称为泛GWAS，以将其与传统的基于单核苷酸多态性（SNP）的GWAS区分开来。Scoary是用Python实现的，可以在https://github.com/AdmiralenOla/Scoary上的开源GPL v3许可证下获得。本文的在线版本（doi：10.1186/s13059-016-1108-8）包含补充材料，可供授权用户使用。
Genome-wide association studies (GWAS) have become indispensable in human medicine and genomics, but very few have been carried out on bacteria. Here we introduce Scoary, an ultra-fast, easy-to-use, and widely applicable software tool that scores the components of the pan-genome for associations to observed phenotypic traits while accounting for population stratification, with minimal assumptions about evolutionary processes. We call our approach pan-GWAS to distinguish it from traditional, single nucleotide polymorphism (SNP)-based GWAS. Scoary is implemented in Python and is available under an open source GPLv3 license at https://github.com/AdmiralenOla/Scoary. The online version of this article (doi:10.1186/s13059-016-1108-8) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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