Domain decomposition of the two-temperature model in DL_POLY_4
Domain decomposition of the two-temperature model in DL_POLY_4
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DL_POLY_4 中二温度模型的域分解
DOI：
10.1080/08927022.2018.1511902
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发表时间：
2018
影响因子：
2.1
通讯作者：
Seaton M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Seaton M
包括激发电子在经典模拟的影响，在两个温度模型的水平，涉及耦合的基于网格的有限差分求解器的热扩散方程和经典的分子动力学模拟与非均匀恒温器。大型系统的仿真需要基于粒子和基于网格的技术的区域分解。从CCP5旗舰代码DL_POLY_4作为域分解分子动力学代码开始，我们设计了一种方法，以类似的方式在处理器内核之间划分温度网格，包括内核之间的适当通信，以处理网格划分之间的边界。本文概述了如何实现温度网格的区域分解，以及在DL_POLY_4中实现双温度模型的一些示例应用。
Including the effects of excited electrons in classical simulations, at the level of the two-temperature model, involves the coupling of a grid-based finite-difference solver for a heat diffusion equation and classical molecular dynamics simulations with an inhomogeneous thermostat. Simulation of large systems requires domain decomposition of both particle-based and grid-based techniques. Starting with the CCP5 flagship code DL_POLY_4 as the domain-decomposed molecular dynamics code, we devised a method to divide up temperature grids among processor cores in a similar fashion, including the appropriate communications between cores to deal with boundaries between grid divisions. This article gives the outline of how the domain decomposition of the temperature grids was achieved, as well as some example applications of the two-temperature model implementation in DL_POLY_4.
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通讯作者：
Robert Darkins-;D. Duffy
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通讯作者：
I. Todorov;W. Smith
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M. Victoria