PlacentaCellEnrich: A tool to characterize gene sets using placenta cell-specific gene enrichment analysis.
PlacentaCellEnrich: A tool to characterize gene sets using placenta cell-specific gene enrichment analysis.
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DOI：
10.1016/j.placenta.2020.10.029
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发表时间：
2021-01-01
期刊：
影响因子：
3.8
通讯作者：
Tuteja G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jain A;Tuteja G
单细胞rna测序（scRNA-Seq）提高了我们对人类胎盘中单个细胞类型的理解。然而，当试图了解模型系统中的表达模式如何与妊娠早期人类胎盘的表达模式相对应时，胎盘scRNA-Seq数据并不容易获得。因此，我们开发了PlacentaCellEnrich，这是一个工具，它将基因集作为输入，然后根据人胎盘scRNA-Seq数据报告输入集是否富集了具有胎盘细胞特异性表达模式的基因。PlacentaCellEnrich工具可以在https://placentacellenrich.gdcb.iastate.edu/上免费获得，根据麻省理工学院的许可用于非营利学术用途。
Single-cell RNA-Sequencing (scRNA-Seq) has improved our understanding of individual cell types in the human placenta. However, placental scRNA-Seq data is not readily accessible when trying to understand how expression patterns in model systems correspond to those from first trimester human placenta. Therefore, we developed PlacentaCellEnrich, a tool that takes a gene set as input, and then reports if the input set is enriched for genes with placenta cell-specific expression patterns, based on human placenta scRNA-Seq data. The PlacentaCellEnrich tool is freely available at https://placentacellenrich.gdcb.iastate.edu/ for non-profit academic use under the MIT license.
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影响因子：
3.8
作者：
Tuteja G;Chung T;Bejerano G
通讯作者：
Bejerano G
影响因子：
4.6
作者：
Jain, Ashish;Ezashi, Toshihiko;Tuteja, Geetu
通讯作者：
Tuteja, Geetu
影响因子：
64.8
作者：
Vento-Tormo R;Efremova M;Botting RA;Turco MY;Vento-Tormo M;Meyer KB;Park JE;Stephenson E;Polański K;Goncalves A;Gardner L;Holmqvist S;Henriksson J;Zou A;Sharkey AM;Millar B;Innes B;Wood L;Wilbrey-Clark A;Payne RP;Ivarsson MA;Lisgo S;Filby A;Rowitch DH;Bulmer JN;Wright GJ;Stubbington MJT;Haniffa M;Moffett A;Teichmann SA
通讯作者：
Teichmann SA
影响因子：
5.2
作者：
Woods L;Perez-Garcia V;Hemberger M
通讯作者：
Hemberger M
影响因子：
14.8
作者：
Efremova, Mirjana;Vento-Tormo, Miquel;Vento-Tormo, Roser
通讯作者：
Vento-Tormo, Roser