An algorithm for finding functional modules and protein complexes in protein-protein interaction networks.
An algorithm for finding functional modules and protein complexes in protein-protein interaction networks.
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DOI：
10.1155/2008/860270
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发表时间：
2008
影响因子：
--
通讯作者：
Han K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cui G;Chen Y;Huang DS;Han K
生物过程通常由一组蛋白质而不是单个蛋白质进行，而同一生物组中的蛋白质形成了蛋白质 - 蛋白质相互作用网络中密集连接的子图。因此，找到密集连接的子图提供了有用的信息，以预测高度连接的子图中未表征蛋白的功能或蛋白质复合物。我们已经开发了一种有效的算法和程序，用于在蛋白质 - 蛋白质相互作用网络中查找簇和近液体。使用该算法对酵母蛋白的相互作用网络的分析表明，我们算法确定的59％的近乎固定物的近距离具有至少一个近粘液中所有蛋白质共享的功能，而56％与在MIP中分类的实验确定的蛋白质复合物的良好一致。
Biological processes are often performed by a group of proteins rather than by individual proteins, and proteins in a same biological group form a densely connected subgraph in a protein-protein interaction network. Therefore, finding a densely connected subgraph provides useful information to predict the function or protein complex of uncharacterized proteins in the highly connected subgraph. We have developed an efficient algorithm and program for finding cliques and near-cliques in a protein-protein interaction network. Analysis of the interaction network of yeast proteins using the algorithm demonstrates that 59% of the near-cliques identified by our algorithm have at least one function shared by all the proteins within a near-clique, and that 56% of the near-cliques show a good agreement with the experimentally determined protein complexes catalogued in MIPS.
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影响因子：
14.9
作者：
Bu, DB;Zhao, Y;Chen, RS
通讯作者：
Chen, RS
影响因子：
1.1
作者：
Battiti, R;Protasi, M
通讯作者：
Protasi, M
影响因子：
64.8
作者：
Uetz, P;Giot, L;Rothberg, JM
通讯作者：
Rothberg, JM
DOI：
10.1073/pnas.061034498
发表时间：
2001-04-10
影响因子：
11.1
作者：
Ito, T;Chiba, T;Sakaki, Y
通讯作者：
Sakaki, Y
影响因子：
0.5
作者：
Katayama, K;Hamamoto, A;Narihisa, H
通讯作者：
Narihisa, H