Metagenomic species profiling using universal phylogenetic marker genes
Metagenomic species profiling using universal phylogenetic marker genes
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DOI：
10.1038/nmeth.2693
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发表时间：
2013-12-01
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Bork, Peer
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sunagawa, Shinichi;Mende, Daniel R.;Bork, Peer
为了使用鸟枪法测序数据在物种水平分辨率上量化已知和未知微生物，我们开发了一种基于单拷贝系统发育标记基因建立宏基因组操作分类单位（mOTU）的方法。该方法应用于 252 个人类粪便样本，结果显示，目前基于参考基因组的方法无法捕获平均 43% 的物种丰度和 58% 的丰富度。该方法的实现可在 http://www.bork.embl.de/software/mOTU/ 上找到。
To quantify known and unknown microorganisms at species-level resolution using shotgun sequencing data, we developed a method that establishes metagenomic operational taxonomic units (mOTUs) based on single-copy phylogenetic marker genes. Applied to 252 human fecal samples, the method revealed that on average 43% of the species abundance and 58% of the richness cannot be captured by current reference genome-based methods. An implementation of the method is available at http://www.bork.embl.de/software/mOTU/.