QM/MM Simulations of Protein Crystal Reactivity Guided by MSOX Crystallography: A Copper Nitrite Reductase Case Study.
QM/MM Simulations of Protein Crystal Reactivity Guided by MSOX Crystallography: A Copper Nitrite Reductase Case Study.
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MSOX 晶体学指导下的蛋白质晶体反应性的 QM/MM 模拟：亚硝酸铜还原酶案例研究。
DOI：
10.1021/acs.jpcb.1c03661
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发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Sen K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sen K
最近开发的多个结构从一个晶体（MSOX）系列晶体学方法可以用来提供多个快照的酶促反应的过程中发生的蛋白质晶体。这种MSOX快照可以用作晶体内酶反应性的组合量子力学/分子力学（QM/MM）模拟的参考。QM/MM计算用于确定参考状态的细节，不能直接观察到的X射线衍射实验，如质子化和氧化态。然后，这些参考状态被用作已知的固定端点，用于反应路径的建模。我们研究了亚硝酸盐还原的机制anAchromobacter cyclolastescopper亚硝酸盐还原酶晶体使用MSOX引导的QM/MM计算，确定亚硝酸盐结合方向的变化与铜的氧化态的变化，并确定最终NO结合MSOX结构的反应路径。的结果进行了比较，在溶剂化环境中进行QM/MM模拟。
The recently developed multiple structures from one crystal (MSOX) serial crystallography method can be used to provide multiple snapshots of the progress of enzymatic reactions taking place within a protein crystal. Such MSOX snapshots can be used as a reference for combined quantum mechanical/molecular mechanical (QM/MM) simulations of enzyme reactivity within the crystal. QM/MM calculations are used to identify details of reference states that cannot be directly observed by X-ray diffraction experiments, such as protonation and oxidation states. These reference states are then used as known fixed endpoints for the modeling of reaction paths. We investigate the mechanism of nitrite reduction in anAchromobacter cycloclastescopper nitrite reductase crystal using MSOX-guided QM/MM calculations, identifying the change in nitrite binding orientation with a change in copper oxidation state, and determining the reaction path to the final NO-bound MSOX structure. The results are compared with QM/MM simulations performed in a solvated environment.
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影响因子：
5.5
作者：
Best, Robert B.;Zhu, Xiao;Shim, Jihyun;Lopes, Pedro E. M.;Mittal, Jeetain;Feig, Michael;MacKerell, Alexander D., Jr.
通讯作者：
MacKerell, Alexander D., Jr.
使用从头计算和离子淌度质谱法分析糖肽离子的分子结构
DOI：
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发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
--
作者：
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通讯作者：
竹内孝江
影响因子：
2.9
作者：
Kaestner, Johannes;Carr, Joanne M.;Sherwood, Paul
通讯作者：
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DOI：
10.1016/j.bbapap.2010.12.017
发表时间：
2011-06-01
影响因子：
3.2
作者：
Antonyuk, Svetlana V.;Hough, Michael A.
通讯作者：
Hough, Michael A.
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15
作者：
Ghosh, Somdatta;Dey, Abhishek;Sun, Yan;Scholes, Charles P.;Solomon, Edward I.
通讯作者：
Solomon, Edward I.