Bioinformatics for the synthetic biology of natural products: integrating across the Design-Build-Test cycle.
Bioinformatics for the synthetic biology of natural products: integrating across the Design-Build-Test cycle.
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DOI：
10.1039/c6np00018e
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发表时间：
2016-08-27
影响因子：
11.9
通讯作者：
Breitling R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Carbonell P;Currin A;Jervis AJ;Rattray NJ;Swainston N;Yan C;Takano E;Breitling R
生物信息学工具促进和加速了合成生物学设计-构建-测试周期沿着所有步骤，以提高工程微生物中天然产物的生产。覆盖：2000年至2016年合成生物学的进展得益于强大的生物信息学工具，这些工具可以整合生物工程周期的设计、构建和测试阶段。在这篇综述中，我们说明了如何实现这种整合，特别关注天然产物的发现和生产。设计和构建阶段的生物信息学工具包括用于选择、合成、组装和优化部件（酶和调控元件）、设备（途径）和系统（底盘）的工具。TEST工具包括用于筛选、鉴定和定量代谢物的工具，以便快速制作原型。这些工具的主要优点和局限性，以及它们的互操作性的能力突出。
Bioinformatics tools facilitate and accelerate all steps along the Design–Build–Test cycle of synthetic biology, for the enhanced production of natural products in engineered microbes. Covering: 2000 to 2016 Progress in synthetic biology is enabled by powerful bioinformatics tools allowing the integration of the design, build and test stages of the biological engineering cycle. In this review we illustrate how this integration can be achieved, with a particular focus on natural products discovery and production. Bioinformatics tools for the DESIGN and BUILD stages include tools for the selection, synthesis, assembly and optimization of parts (enzymes and regulatory elements), devices (pathways) and systems (chassis). TEST tools include those for screening, identification and quantification of metabolites for rapid prototyping. The main advantages and limitations of these tools as well as their interoperability capabilities are highlighted.
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影响因子：
--
作者：
Büchel F;Rodriguez N;Swainston N;Wrzodek C;Czauderna T;Keller R;Mittag F;Schubert M;Glont M;Golebiewski M;van Iersel M;Keating S;Rall M;Wybrow M;Hermjakob H;Hucka M;Kell DB;Müller W;Mendes P;Zell A;Chaouiya C;Saez-Rodriguez J;Schreiber F;Laibe C;Dräger A;Le Novère N
通讯作者：
Le Novère N
影响因子：
3.7
作者：
Engler, Carola;Kandzia, Romy;Marillonnet, Sylvestre
通讯作者：
Marillonnet, Sylvestre
影响因子：
5.7
作者：
Gould N;Hendy O;Papamichail D
通讯作者：
Papamichail D
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作者：
Fox, Richard J.;Davis, S. Christopher;Huisman, Gjalt W.
通讯作者：
Huisman, Gjalt W.
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48
作者：
Gibson, Daniel G.;Young, Lei;Smith, Hamilton O.
通讯作者：
Smith, Hamilton O.