Efficient calculation of SAMPL4 hydration free energies using OMEGA, SZYBKI, QUACPAC, and Zap TK.
Efficient calculation of SAMPL4 hydration free energies using OMEGA, SZYBKI, QUACPAC, and Zap TK.
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DOI：
10.1007/s10822-014-9720-8
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发表时间：
2014-03
影响因子：
3.5
通讯作者：
Nicholls, Anthony
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ellingson, Benjamin A.;Geballe, Matthew T.;Wlodek, Stanislaw;Bayly, Christopher I.;Skillman, A. Geoffrey;Nicholls, Anthony
关键词：
使用OpenEye工具计算了SAMPL 4水合自由能集的几个提交，包括许多表现最好的提交。我们所有最好的论文都使用了AM 1BCC电荷和Poisson-Boltzmann溶剂化。三个提交使用一个单一的构象计算的水合自由能，所有的表现都非常好，平均无符号误差范围从0.94至1.08千卡/摩尔。这些计算非常快，每个分子仅需要0.5-2.0 s。我们观察到，我们的两个单一构象异构体的方法有不同类型的失败的情况下，这些差异可以用来确定何时的方法可能有重大的错误。本文的在线版本（doi：10.1007/s10822-014-9720-8）包含补充材料，可供授权用户使用。
Several submissions for the SAMPL4 hydration free energy set were calculated using OpenEye tools, including many that were among the top performing submissions. All of our best submissions used AM1BCC charges and Poisson–Boltzmann solvation. Three submissions used a single conformer for calculating the hydration free energy and all performed very well with mean unsigned errors ranging from 0.94 to 1.08 kcal/mol. These calculations were very fast, only requiring 0.5–2.0 s per molecule. We observed that our two single-conformer methodologies have different types of failure cases and that these differences could be exploited for determining when the methods are likely to have substantial errors. The online version of this article (doi:10.1007/s10822-014-9720-8) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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影响因子：
3.5
作者：
Geballe, Matthew T.;Guthrie, J. Peter
通讯作者：
Guthrie, J. Peter
影响因子：
7.3
作者：
Nicholls, Anthony;Mobley, David L.;Pande, Vijay S.
通讯作者：
Pande, Vijay S.
影响因子：
3
作者：
Grant, JA;Pickup, BT;Nicholls, A
通讯作者：
Nicholls, A
影响因子：
3.5
作者：
Geballe, Matthew T.;Skillman, A. Geoffrey;Taylor, Peter J.
通讯作者：
Taylor, Peter J.
影响因子：
3.5
作者：
Guthrie, J. Peter
通讯作者：
Guthrie, J. Peter