Predicting the functional impact of protein mutations: application to cancer genomics.
Predicting the functional impact of protein mutations: application to cancer genomics.
复制标题
预测蛋白质突变的功能影响：在癌症基因组学中的应用。
DOI：
10.1093/nar/gkr407
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发表时间：
2011-09-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Sander C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Reva B;Antipin Y;Sander C
随着基因组的大规模重新测序揭示了许多蛋白质突变，特别是在人类癌症组织中，预测它们可能的功能影响成为重要的实际目标。在这里，我们介绍了一个新的功能影响评分（FIS）的氨基酸残基的变化，使用进化保守模式。这些模式中的信息来自于使用组合熵形式主义的物种内和物种之间的序列同源物的对齐家族和子家族。该评分在分离疾病相关变体（假设为强功能性）（19200）和常见多态性（假设为弱功能性）（受试者工作特征曲线下面积为0.86）方面对大量人类蛋白质突变表现良好。在癌症中，使用COSMIC数据库中的10000个突变的复发、多重性和注释，该方法在为更可能的功能突变（“驱动因素”）分配更高的分数方面做得很好。为了指导实验的优先顺序，我们报告了一个列表，其中包含了大约1000个在一种或多种癌症类型中经常突变的人类癌症基因，这些基因按可能的功能影响进行排名;另外还有1000个候选癌症基因，它们具有罕见但可能的功能突变。此外，我们估计至少5%的癌症相关突变涉及功能转换，而不仅仅是功能的丧失或获得。
As large-scale re-sequencing of genomes reveals many protein mutations, especially in human cancer tissues, prediction of their likely functional impact becomes important practical goal. Here, we introduce a new functional impact score (FIS) for amino acid residue changes using evolutionary conservation patterns. The information in these patterns is derived from aligned families and sub-families of sequence homologs within and between species using combinatorial entropy formalism. The score performs well on a large set of human protein mutations in separating disease-associated variants (∼19 200), assumed to be strongly functional, from common polymorphisms (∼35 600), assumed to be weakly functional (area under the receiver operating characteristic curve of ∼0.86). In cancer, using recurrence, multiplicity and annotation for ∼10 000 mutations in the COSMIC database, the method does well in assigning higher scores to more likely functional mutations (‘drivers’). To guide experimental prioritization, we report a list of about 1000 top human cancer genes frequently mutated in one or more cancer types ranked by likely functional impact; and, an additional 1000 candidate cancer genes with rare but likely functional mutations. In addition, we estimate that at least 5% of cancer-relevant mutations involve switch of function, rather than simply loss or gain of function.
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影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1038/nrc1299
发表时间：
2004-03
期刊：
Nature reviews. Cancer
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
14.9
作者：
Bromberg Y;Rost B
通讯作者：
Rost B
影响因子：
11.2
作者：
Jones, Rebecca;Ruas, Margarida;Peters, Gordon
通讯作者：
Peters, Gordon
影响因子：
11.2
作者：
Carter H;Chen S;Isik L;Tyekucheva S;Velculescu VE;Kinzler KW;Vogelstein B;Karchin R
通讯作者：
Karchin R