A chromosome-level genome assembly for the Pacific oyster Crassostrea gigas.
A chromosome-level genome assembly for the Pacific oyster Crassostrea gigas.
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DOI：
10.1093/gigascience/giab020
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发表时间：
2021-03-25
期刊：
影响因子：
9.2
通讯作者：
Houston RD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Peñaloza C;Gutierrez AP;Eöry L;Wang S;Guo X;Archibald AL;Bean TP;Houston RD
太平洋牡蛎（Crassostreagigas）是一种双壳类软体动物，在全球沿海生态系统和水产养殖中发挥着重要作用。虽然广泛的基因组工具可用于C。为了支持基础研究和应用研究，需要有数十亿个高度连续的参考基因组。在这里，我们报告的创建和注释的染色体水平组装的C。千兆。在Pacific Biosciences和Illumina平台上生成的高覆盖度长和短读段序列数据用于生成初始组装体，然后使用Hi-C测序和高密度连锁图谱将其支架化为10个假染色体。该组装体具有58.4 Mb的支架N50和1.8 Mb的重叠群N50，代表了先前公布的C的一步进步。gigas组件。基于Pacific Biosciences Iso-Seq和Illumina RNA-Seq的注释导致鉴定了大约30，000个推定的蛋白质编码基因。推测的重复元件的注释强调了Helitron滚环转座元件的富集，表明它们在塑造C. gigas基因组.这种新的染色体水平组装将成为遗传学和基因组学研究的有利资源，以支持对双壳类生物学的基本见解，以及对C。在水产养殖中。
The Pacific oyster (Crassostrea gigas) is a bivalve mollusc with vital roles in coastal ecosystems and aquaculture globally. While extensive genomic tools are available for C. gigas, highly contiguous reference genomes are required to support both fundamental and applied research. Herein we report the creation and annotation of a chromosome-level assembly for C. gigas. High-coverage long- and short-read sequence data generated on Pacific Biosciences and Illumina platforms were used to generate an initial assembly, which was then scaffolded into 10 pseudo-chromosomes using both Hi-C sequencing and a high-density linkage map. The assembly has a scaffold N50 of 58.4 Mb and a contig N50 of 1.8 Mb, representing a step advance on the previously published C. gigas assembly. Annotation based on Pacific Biosciences Iso-Seq and Illumina RNA-Seq resulted in identification of ∼30,000 putative protein-coding genes. Annotation of putative repeat elements highlighted an enrichment of Helitron rolling-circle transposable elements, suggesting their potential role in shaping the evolution of the C. gigas genome. This new chromosome-level assembly will be an enabling resource for genetics and genomics studies to support fundamental insight into bivalve biology, as well as for selective breeding of C. gigas in aquaculture.
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DOI：
10.1534/g3.117.041780
发表时间：
2017-07-05
期刊：
G3 (Bethesda, Md.)
影响因子：
--
作者：
Gutierrez AP;Turner F;Gharbi K;Talbot R;Lowe NR;Peñaloza C;McCullough M;Prodöhl PA;Bean TP;Houston RD
通讯作者：
Houston RD
影响因子：
4.9
作者：
Bao W;Kojima KK;Kohany O
通讯作者：
Kohany O
影响因子：
2.9
作者：
Carrasco, Mauro F.;Baron, Pedro J.
通讯作者：
Baron, Pedro J.
影响因子：
3.7
作者：
English AC;Richards S;Han Y;Wang M;Vee V;Qu J;Qin X;Muzny DM;Reid JG;Worley KC;Gibbs RA
通讯作者：
Gibbs RA
DOI：
10.1016/0022-0981(86)90176-0
发表时间：
1986-11-28
影响因子：
2
作者：
ALLEN, SK;DOWNING, SL
通讯作者：
DOWNING, SL