A transition-rate investigation by molecular dynamics with the Langevin/implicit-Euler scheme
A transition-rate investigation by molecular dynamics with the Langevin/implicit-Euler scheme
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使用朗之万/隐式欧拉方案通过分子动力学研究跃迁率
DOI：
10.1063/1.461715
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发表时间：
1991
影响因子：
4.4
通讯作者：
T. Schlick
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
A. Nyberg;T. Schlick
我们报告了双稳态分段谐波势的分子动力学模拟结果。这里研究了一种新的分子动力学方法——朗之万/隐式欧拉方案，并与常见的 Verlet 积分算法进行了比较。隐式方案引入了新的计算和物理特征，因为它（1）不将积分时间步长限制为非常小的值，并且（2）有效地阻尼振动模式 ω≫ωc，其中 ωc 是选定的截止频率。我们在本研究中探讨的主要问题是时间步长和截止频率的不同选择如何影响计算的转移率。一维双井模型提供了一个简单的视觉和计算机会，用于观察该方案引入的两种不同的阻尼力（摩擦力和内在力），并表征给定参数组合下的主导力。我们在这里检查的另一个问题是时间步长的选择，朗之万/隐式欧拉方案在该时间步长以下产生“正确”的反式......
We report results from molecular dynamics simulations for a bistable piecewise‐harmonic potential. A new method for molecular dynamics—the Langevin/implicit‐Euler scheme—is investigated here and compared to the common Verlet integration algorithm. The implicit scheme introduces new computational and physical features since it (1) does not restrict integration time step to a very small value, and (2) effectively damps vibrational modes ω≫ωc, where ωc is a chosen cutoff frequency. The main issue we explore in this study is how different choices of time steps and cutoff frequencies affect computed transition rates. The one‐dimensional, double‐well model offers a simple visual and computational opportunity for observing the two different damping forces introduced by the scheme—frictional and intrinsic—and for characterizing the dominating force at a given parameter combination. Another question we examine here is the choice of time step below which the Langevin/implicit‐Euler scheme produces ‘‘correct’’ trans...
通过计算机模拟的超螺旋 DNA 能量学和动力学。
影响因子：
5.6
作者：
Schlick,T;Olson,WK
通讯作者：
Olson,WK