POPART: full-feature software for haplotype network construction
POPART: full-feature software for haplotype network construction
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DOI：
10.1111/2041-210x.12410
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发表时间：
2015-09-01
影响因子：
6.6
通讯作者：
Bryant, David
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Leigh, Jessica W.;Bryant, David
1.单倍型网络是一种直观的方法，可以在种群水平上直观地显示个体基因型之间的关系。在这里，我们介绍了PopART，这是一个集成的软件包，提供了单倍型网络方法、系统地理可视化工具和标准统计测试的全面实施，以及可供出版的图形制作。PopART还为基于网络的新方法的实现和分发提供了一个平台--我们描述了一种这样的新方法--整数邻域联合。该软件是开源的，所有主要操作系统都可以免费使用。
1. Haplotype networks are an intuitive method for visualising relationships between individual genotypes at the population level.2. Here, we present POPART, an integrated software package that provides a comprehensive implementation of haplotype network methods, phylogeographic visualisation tools and standard statistical tests, together with publication-ready figure production.3. POPART also provides a platform for the implementation and distribution of new network-based methods - we describe one such new method, integer neighbour-joining.4. The software is open source and freely available for all major operating systems.