An integrated pharmacokinetics ontology and corpus for text mining.
An integrated pharmacokinetics ontology and corpus for text mining.
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DOI：
10.1186/1471-2105-14-35
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发表时间：
2013-02-01
影响因子：
3
通讯作者：
Li L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wu HY;Karnik S;Subhadarshini A;Wang Z;Philips S;Han X;Chiang C;Liu L;Boustani M;Rocha LM;Quinney SK;Flockhart D;Li L
药物药代动力学参数、药物相互作用参数和药物遗传学数据在不同数据库中的收集不均匀，并在文献中广泛发表。如果没有合适的药代动力学本体和注释良好的药代动力学语料库，将很难开发用于从文献中收集药代动力学数据和从多个数据库集成药代动力学数据的文本挖掘工具。构建了一个全面的药代动力学本体。它可以注释体外药代动力学实验和体内药代动力学研究的各个方面。它涵盖了所有的药物代谢和运输酶。使用我们的药代动力学本体，PK语料库的构建，目前四类药代动力学摘要：在体内药代动力学研究，在体内药物遗传学研究，在体内药物相互作用研究，在体外药物相互作用研究。提出并实现了一种新的分层三级标注方案，用于标注关键词、药物相互作用句子和药物相互作用对。药代动力学本体论的效用通过注释三个药代动力学研究来证明; PK语料库的效用通过药物相互作用提取文本挖掘分析来证明。药代动力学本体诠释了体外药代动力学实验和体内药代动力学研究。PK语料库是药代动力学参数和药物相互作用的文本挖掘的一个非常有价值的资源。
Drug pharmacokinetics parameters, drug interaction parameters, and pharmacogenetics data have been unevenly collected in different databases and published extensively in the literature. Without appropriate pharmacokinetics ontology and a well annotated pharmacokinetics corpus, it will be difficult to develop text mining tools for pharmacokinetics data collection from the literature and pharmacokinetics data integration from multiple databases. A comprehensive pharmacokinetics ontology was constructed. It can annotate all aspects of in vitro pharmacokinetics experiments and in vivo pharmacokinetics studies. It covers all drug metabolism and transportation enzymes. Using our pharmacokinetics ontology, a PK-corpus was constructed to present four classes of pharmacokinetics abstracts: in vivo pharmacokinetics studies, in vivo pharmacogenetic studies, in vivo drug interaction studies, and in vitro drug interaction studies. A novel hierarchical three level annotation scheme was proposed and implemented to tag key terms, drug interaction sentences, and drug interaction pairs. The utility of the pharmacokinetics ontology was demonstrated by annotating three pharmacokinetics studies; and the utility of the PK-corpus was demonstrated by a drug interaction extraction text mining analysis. The pharmacokinetics ontology annotates both in vitro pharmacokinetics experiments and in vivo pharmacokinetics studies. The PK-corpus is a highly valuable resource for the text mining of pharmacokinetics parameters and drug interactions.
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影响因子：
3.9
作者：
Chien, Jenny Y.;Lucksiri, Aroonrut;Hall, Stephen D.
通讯作者：
Hall, Stephen D.
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq382
发表时间：
2010-09-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Tari L;Anwar S;Liang S;Cai J;Baral C
通讯作者：
Baral C
DOI：
10.1016/j.ddtec.2004.10.002
发表时间：
2004-12-01
期刊：
Drug discovery today. Technologies
影响因子：
--
作者：
Rostami-Hodjegan, Amin;Tucker, Geoff
通讯作者：
Tucker, Geoff
影响因子：
3.9
作者：
Williams, JA;Ring, BJ;Wrighton, SA
通讯作者：
Wrighton, SA
通过评估跨核心学习，全路径图核用于蛋白质 - 蛋白质相互作用提取。
影响因子：
3
作者：
Airola, Antti;Pyysalo, Sampo;Bjoerne, Jari;Pahikkala, Tapio;Ginter, Filip;Salakoski, Tapio
通讯作者：
Salakoski, Tapio