A Highly Sensitive GFP Activation Assay for Detection of DNA Cleavage in Cells.
A Highly Sensitive GFP Activation Assay for Detection of DNA Cleavage in Cells.
复制标题
用于检测细胞中 DNA 裂解的高灵敏度 GFP 激活测定
DOI：
10.3389/fcell.2021.771248
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发表时间：
2021
影响因子：
5.5
通讯作者：
Zheng WV
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hu Z;Zhang C;Wang D;Gao S;Ong SG;Wang Y;Zheng WV
CRISPR/Cas9 核酸酶在基因治疗方面具有巨大潜力，但它们经常引起不必要的脱靶切割。我们之前开发了一种 GFP 激活测定法，用于检测细胞中的 DNA 裂解。在这里，我们展示了该测定的两个新应用。首先，我们使用该测定来确认以前无法通过细胞中的靶向深度测序检测到的脱靶切割。其次，我们使用这种方法来检测 SpCas9 识别的多个替代 PAM。这些非规范 PAM 与低裂解活性相关，但与这些 PAM 相关的靶标必须被视为潜在的脱靶位点。总而言之，GFP 激活测定是细胞中 DNA 裂解检测的强大平台。
CRISPR/Cas9 nucleases hold great potential for gene therapy, but they frequently induce unwanted off-target cleavage. We previously developed a GFP activation assay for detection of DNA cleavage in cells. Here, we demonstrate two novel applications of this assay. First, we use this assay to confirm off-target cleavage that cannot be detected by targeted deep sequencing in cells before. Second, we use this approach to detect multiple alternative PAMs recognized by SpCas9. These noncanonical PAMs are associated with low cleavage activity, but targets associated with these PAMs must be considered as potential off-target sites. Taken together, the GFP activation assay is a powerful platform for DNA cleavage detection in cells.
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影响因子：
46.9
作者：
Doench JG;Fusi N;Sullender M;Hegde M;Vaimberg EW;Donovan KF;Smith I;Tothova Z;Wilen C;Orchard R;Virgin HW;Listgarten J;Root DE
通讯作者：
Root DE
影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
46.9
作者：
Tsai, Shengdar Q.;Zheng, Zongli;Nguyen, Nhu T.;Liebers, Matthew;Topkar, Ved V.;Thapar, Vishal;Wyvekens, Nicolas;Khayter, Cyd;Iafrate, A. John;Le, Long P.;Aryee, Martin J.;Joung, J. Keith
通讯作者：
Joung, J. Keith
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16
作者：
Leenay RT;Maksimchuk KR;Slotkowski RA;Agrawal RN;Gomaa AA;Briner AE;Barrangou R;Beisel CL
通讯作者：
Beisel CL
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48
作者：
Crosetto, Nicola;Mitra, Abhishek;Silva, Maria Joao;Bienko, Magda;Dojer, Norbert;Wang, Qi;Karaca, Elif;Chiarle, Roberto;Skrzypczak, Magdalena;Ginalski, Krzysztof;Pasero, Philippe;Rowicka, Maga;Dikic, Ivan
通讯作者：
Dikic, Ivan