Oligomerization of Peptides LVEALYL and RGFFYT and Their Binding Affinity to Insulin.
Oligomerization of Peptides LVEALYL and RGFFYT and Their Binding Affinity to Insulin.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0065358
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Li MS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chiang HL;Ngo ST;Chen CJ;Hu CK;Li MS
最近有人提出了一种人胰岛素原纤维模型，其中原纤维生长是通过将 LVEALYL（胰岛素 B 链的片段 11-17）堆叠成一对紧密交错的片层来进行的。实验还表明，LVEALYL 具有高度自组装和与胰岛素结合的倾向。这就需要研究 LVEALYL 的寡聚化及其与全长胰岛素的结合亲和力。使用 Gromos96 43a1 力场和显式水的全原子模拟表明 LVEALYL 可以聚集。通过分子力学泊松-玻尔兹曼表面积法对 LVEALYL 与胰岛素的结合自由能进行理论估计，发现其与 B 链具有很强的结合亲和力，这意味着与实验一致，LVEALYL 可以通过结合机制影响胰岛素聚集。我们预测，与 LVEALYL 类似，肽 RGFFYT（片段 B22-27）可以自组装并与胰岛素结合，调节其原纤维生长过程。 RGFFYT 的结合亲和力与 LVEALYL 相当。
Recently it has been proposed a model for fibrils of human insulin in which the fibril growth proceeds via stacking LVEALYL (fragment 11–17 from chain B of insulin) into pairs of tightly interdigitated -sheets. The experiments have also shown that LVEALYL has high propensity to self-assembly and binding to insulin. This necessitates study of oligomerization of LVEALYL and its binding affinity to full-length insulin. Using the all-atom simulations with Gromos96 43a1 force field and explicit water it is shown that LVEALYL can aggregate. Theoretical estimation of the binding free energy of LVEALYL to insulin by the molecular mechanic Poisson-Boltzmann surface area method reveals its strong binding affinity to chain B, implying that, in agreement with the experiments, LVEALYL can affect insulin aggregation via binding mechanism. We predict that, similar to LVEALYL, peptide RGFFYT (fragment B22-27) can self-assemble and bind to insulin modulating its fibril growth process. The binding affinity of RGFFYT is shown to be comparable with that of LVEALYL.
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影响因子：
5.5
作者：
Hess, Berk;Kutzner, Carsten;Lindahl, Erik
通讯作者：
Lindahl, Erik
影响因子：
13.8
作者：
Dobson, CM
通讯作者：
Dobson, CM
DOI：
10.1002/prot.340230412
发表时间：
1995-12-01
期刊：
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND GENETICS
影响因子：
--
作者：
Frishman, D;Argos, P
通讯作者：
Argos, P
DOI：
10.1073/pnas.0910080106
发表时间：
2009-11-10
影响因子：
11.1
作者：
Ivanova, Magdalena I.;Sievers, Stuart A.;Eisenberg, David
通讯作者：
Eisenberg, David
影响因子：
8.6
作者：
Li, Mai Suan;Co, Nguyen Truong;Thirumalai, D.
通讯作者：
Thirumalai, D.