Novel Methods in Soft Matter Simulations
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DOI：
10.1007/b95265
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发表时间：
2013-10
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
M. Karttunen;I. Vattulainen;A. Lukkarinen
中科院分区：
文献类型：
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作者：
M. Karttunen;I. Vattulainen;A. Lukkarinen
一个理论上健全的和计算上易于处理的非哈密顿分子动力学模拟复杂的系统是必要的。在这里，非哈密顿系统的统计力学推导，并将其应用到Nosé-胡佛和相关的isostats。然后，最严格的家庭的算法集成的运动方程，Trotter导出酉积分器（如SHAKE），详细讨论。在最后一部分中，我们解决了一般的分子动力学处理相互作用的系统组成的量子和经典的子系统。
A theoretically sound and computationally tractable treatment for non-Hamiltonian molecular dynamics is needed for simulations of complex systems. Here, statistical mechanics of non-Hamiltonian systems is derived and it is applied to Nosé-Hoover and related isostats. Then, the most rigorous family of algorithms for integration of equations of motion, Trotter-derived unitary integrators (e.g. SHAKE), are discussed in detail. In the last part we address the generalization of molecular dynamics to treat interacting systems composed of quantum and classical subsystems.