MECAT : fast mapping, error correction, and de novo assembly for single-molecule sequencing reads
MECAT : fast mapping, error correction, and de novo assembly for single-molecule sequencing reads
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MECAT：单分子测序读取的快速作图、纠错和从头组装
DOI：
10.1038/nmeth.4432
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发表时间：
2017-11-01
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Xie, Zhi
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Xiao, Chuan-Le;Chen, Ying;Xie, Zhi
我们提出了一个工具，它结合了快速映射，错误纠正和从头组装（MECAT;可在https：//github访问。com/xiaochuanle/MECAT）用于处理单分子测序（SMS）读数。MECAT的计算效率上级于现有的工具，而MECAT产生的结果是可比的或改进的。MECAT可以在一台计算机上使用SMS读取进行大基因组的参考定位或从头组装。
We present a tool that combines fast mapping, error correction, and de novo assembly (MECAT; accessible at https:// github. com/xiaochuanle/MECAT) for processing single-molecule sequencing (SMS) reads. MECAT's computing efficiency is superior to that of current tools, while the results MECAT produces are comparable or improved. MECAT enables reference mapping or de novo assembly of large genomes using SMS reads on a single computer.