Identifying influential genes in protein-protein interaction networks
Identifying influential genes in protein-protein interaction networks
复制标题
识别蛋白质-蛋白质相互作用网络中的影响基因
DOI：
10.1016/j.ins.2018.04.078
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发表时间：
2018-07
影响因子：
8.1
通讯作者：
Chi Juan
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sun Peng Gang;Quan Yi Ning;Miao Qi Guang;Chi Juan
影响最大化问题中的影响节点对于复杂网络中信息的传播具有重要意义。在这项研究中，我们确定有影响力的节点，称为有影响力的基因，在蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。从理论上讲，当有影响力的基因被激活时，信息可以渗透整个网络。我们提出了一个新的框架，考虑到影响的不对称性，以确定在PPI网络中更有影响力的基因。在这个框架中，我们通过考虑影响的异质性来识别影响基因。因此，影响最大化问题中的最小影响基因集可以映射到最优渗流问题中的最优基因集。我们识别了五个物种的PPI网络中的影响基因，结果表明，我们的方法识别的基因更有影响力，往往位于PPI网络的核心。此外，我们发现，有影响力的基因往往更显着丰富的必需酵母基因，肿瘤抑制基因和药物靶基因。
Influential nodes in influence maximization problems are of great importance for the spread of information in complex networks. In this study, we identify influential nodes, called influential genes, in protein–protein interaction (PPI) networks. In theory, information can percolate through an entire network when influential genes are activated. We propose a new framework by taking the asymmetry of influence into account to identify genes that are more influential in PPI networks. In the framework, we identify influential genes by considering the heterogeneity of influence. As such, the minimal set of influential genes in the influence maximization problem can be mapped onto the optimal set of genes in the optimal percolation problem. We identify the influential genes in the PPI networks of five species, and the results show that the genes identified by our method are more influential and tend to be located in the core of a PPI network. In addition, we find that influential genes tend to be more significantly enriched in essential yeast genes, tumor suppressor genes, and drug target genes.
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影响因子：
4.6
作者：
Teng X;Pei S;Morone F;Makse HA
通讯作者：
Makse HA
影响因子：
4.6
作者：
Pei S;Teng X;Shaman J;Morone F;Makse HA
通讯作者：
Makse HA
DOI：
10.1007/978-3-319-77332-2_8
发表时间：
2017-07
期刊：
ArXiv
影响因子：
--
作者：
S. Pei;F. Morone;H. Makse
通讯作者：
S. Pei;F. Morone;H. Makse
影响因子：
14.9
作者：
Bu, DB;Zhao, Y;Chen, RS
通讯作者：
Chen, RS
DOI：
10.1097/01.jbi.0000393097.88532.34
发表时间：
2020-09
期刊：
The International Encyclopedia of Media Psychology
影响因子：
--
作者：
J. García-Avilés
通讯作者：
J. García-Avilés