Identification of new high affinity targets for Roquin based on structural conservation.
Identification of new high affinity targets for Roquin based on structural conservation.
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DOI：
10.1093/nar/gky908
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发表时间：
2018-12-14
影响因子：
14.9
通讯作者：
Weigand JE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Braun J;Fischer S;Xu ZZ;Sun H;Ghoneim DH;Gimbel AT;Plessmann U;Urlaub H;Mathews DH;Weigand JE
转录后基因调控通过改变特定mRNA的衰减率和翻译率来控制其产生的蛋白质的量。这种调节主要是通过反式作用因子与mRNAs非翻译区(UTRs)中的顺式调节元件相互作用实现的。这些相互作用由基于序列或基于结构的识别来指导。与序列保守类似，UTR结构的进化保守因此反映了它的功能重要性。我们利用这种结构保守性来确定以前未知的顺式调控元件。使用RNA折叠程序dyAlign，我们扫描了人类和小鼠的所有UTRs，以寻找保守的结构。对推测的保守结构的子集进行了表征，揭示了RNA结合蛋白Roquin的结合位点。体内详细的功能鉴定使我们能够重新定义Roquin的结合偏好并确定新的靶基因。许多这些新的靶点与Roquin在炎症和免疫反应中的既定作用无关，因此突出了这种重要的抑制因子的额外的、未被研究的细胞功能。此外，几个Roquin靶标的表达具有高度的细胞类型特异性。因此，使用依赖于mRNA丰度的方法很难检测到这些靶点，但使用我们的无偏见策略很容易检测到。
Post-transcriptional gene regulation controls the amount of protein produced from a specific mRNA by altering both its decay and translation rates. Such regulation is primarily achieved by the interaction of trans-acting factors with cis-regulatory elements in the untranslated regions (UTRs) of mRNAs. These interactions are guided either by sequence- or structure-based recognition. Similar to sequence conservation, the evolutionary conservation of a UTR’s structure thus reflects its functional importance. We used such structural conservation to identify previously unknown cis-regulatory elements. Using the RNA folding program Dynalign, we scanned all UTRs of humans and mice for conserved structures. Characterizing a subset of putative conserved structures revealed a binding site of the RNA-binding protein Roquin. Detailed functional characterization in vivo enabled us to redefine the binding preferences of Roquin and identify new target genes. Many of these new targets are unrelated to the established role of Roquin in inflammation and immune responses and thus highlight additional, unstudied cellular functions of this important repressor. Moreover, the expression of several Roquin targets is highly cell-type-specific. In consequence, these targets are difficult to detect using methods dependent on mRNA abundance, yet easily detectable with our unbiased strategy.
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BAG3 直接稳定己糖激酶 2 mRNA 并促进胰腺癌细胞中的有氧糖酵解
DOI：
10.1083/jcb.201701064
发表时间：
2017-12-04
期刊：
The Journal of cell biology
影响因子：
--
作者：
An MX;Li S;Yao HB;Li C;Wang JM;Sun J;Li XY;Meng XN;Wang HQ
通讯作者：
Wang HQ
影响因子：
14.9
作者：
Chen C;Ridzon DA;Broomer AJ;Zhou Z;Lee DH;Nguyen JT;Barbisin M;Xu NL;Mahuvakar VR;Andersen MR;Lao KQ;Livak KJ;Guegler KJ
通讯作者：
Guegler KJ
影响因子：
3
作者：
Harmanci AO;Sharma G;Mathews DH
通讯作者：
Mathews DH
影响因子：
14.8
作者：
Ding, Yiliang;Kwok, Chun Kit;Assmann, Sarah M.
通讯作者：
Assmann, Sarah M.
影响因子：
3.2
作者：
Berens, Christian;Lochner, Susanne;Gmeiner, Peter
通讯作者：
Gmeiner, Peter