Transposable Elements Contribute to the Adaptation of Arabidopsis thaliana.
Transposable Elements Contribute to the Adaptation of Arabidopsis thaliana.
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转座因子有助于拟南芥的适应
DOI：
10.1093/gbe/evy171
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发表时间：
2018-08-01
影响因子：
3.3
通讯作者：
Guo YL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li ZW;Hou XH;Chen JF;Xu YC;Wu Q;González J;Guo YL
摘要转座元件(TES)是一种具有很高突变率的可移动遗传元件，在塑造基因组结构和调节表型变异方面发挥着重要作用。然而，TES在多大程度上影响生物在其自然栖息地的适应在很大程度上是未知的。在这里，我们从模式植物拟南芥中扫描了201个有代表性的重新测序的基因组，并从非着丝粒区域鉴定出2311个多态的TES。我们发现不同类型的TES在不同的刺参种群中有扩张和收缩的现象。更重要的是，我们确定了两个TE插入，它们可能在适应性进化中发挥作用。我们的结果强调了在快速的全球气候变化的背景下，TES的变化对于一般植物适应的重要性。
Abstract Transposable elements (TEs) are mobile genetic elements with very high mutation rates that play important roles in shaping genome architecture and regulating phenotypic variation. However, the extent to which TEs influence the adaptation of organisms in their natural habitats is largely unknown. Here, we scanned 201 representative resequenced genomes from the model plant Arabidopsis thaliana and identified 2,311 polymorphic TEs from noncentromeric regions. We found expansion and contraction of different types of TEs in different A. thaliana populations. More importantly, we identified two TE insertions that are likely candidates to play a role in adaptive evolution. Our results highlight the importance of variations in TEs for the adaptation of plants in general in the context of rapid global climate change.
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影响因子：
7
作者：
Bousios A;Diez CM;Takuno S;Bystry V;Darzentas N;Gaut BS
通讯作者：
Gaut BS
影响因子：
12.3
作者：
Colonna V;Ayub Q;Chen Y;Pagani L;Luisi P;Pybus M;Garrison E;Xue Y;Tyler-Smith C;1000 Genomes Project Consortium;Abecasis GR;Auton A;Brooks LD;DePristo MA;Durbin RM;Handsaker RE;Kang HM;Marth GT;McVean GA
通讯作者：
McVean GA
影响因子：
10.7
作者：
Hoen, Douglas R.;Bureau, Thomas E.
通讯作者：
Bureau, Thomas E.
DOI：
10.1073/pnas.1018222108
发表时间：
2011-02-08
影响因子：
11.1
作者：
Hollister, Jesse D.;Smith, Lisa M.;Gaut, Brandon S.
通讯作者：
Gaut, Brandon S.
使用下一代 DNA 测序数据进行变异发现和基因分型的框架。
影响因子：
30.8
作者：
通讯作者：
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