Pearson's test, trend test, and MAX are all trend tests with different types of scores.
Pearson's test, trend test, and MAX are all trend tests with different types of scores.
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DOI：
10.1111/j.1469-1809.2008.00500.x
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发表时间：
2009-03
影响因子：
1.9
通讯作者：
Yang Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zheng G;Joo J;Yang Y
Pearson检验是检验病例-对照数据的遗传关联的最常用的统计方法之一。趋势检验是另一种假设疾病风险与基因型之间存在剂量反应模型的检验。为了应用趋势检验，基于基础遗传模型先验地分配一组有序分数。皮尔森检验是无模型的和稳健的，但对于常见的遗传模型不太强大。MAX是另一个稳健的检验统计量，它对一系列科学上合理的遗传模型进行了最大的趋势检验。我们证明了这三个检验统计量都是趋势检验，但具有不同类型的分数;分数是预先指定的还是数据驱动的，或者分数是有序的（受限制的）还是无序的（不受限制的）。然后，我们提供的功率性能的三个测试时，潜在的遗传模型是未知的见解，并讨论使用哪种测试的病例对照遗传关联研究的分析。
Pearson’s test is one of the most commonly used statistics for testing genetic association of case-control data. The trend test is another one which assumes a dose-response model between the risk of the disease and genotypes. To apply the trend test, a set of ordered scores is assigned a priori based on the underlying genetic model. Pearson’s test is model-free and robust, but is less powerful for common genetic models. MAX is another robust test statistic, which takes the maximum of the trend tests over a family of scientifically plausible genetic models. We show that the three test statistics are all trend tests but with different types of scores; whether the scores are prespecified or data-driven, or whether the scores are ordered (restricted) or not ordered (unrestricted). We then provide insights into power performance of the three tests when the underlying genetic model is unknown and discuss which test to use for the analyses of case-control genetic association studies.
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