Exploring biological electron transfer pathway dynamics with the Pathways plugin for VMD.
Exploring biological electron transfer pathway dynamics with the Pathways plugin for VMD.
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DOI：
10.1002/jcc.22927
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发表时间：
2012-03-30
影响因子：
3
通讯作者：
Beratan, David N.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Balabin, Ilya A.;Hu, Xiangqian;Beratan, David N.
我们描述了分子可视化程序VMD的新途径插件。该插件可以识别和可视化生物分子中的隧道路径和路径家族，并计算相对的电子耦合。该插件包括独特的功能来估计单个原子介导耦合的重要性，分析耦合对热运动的敏感性，并可视化路径波动。Pathways插件是在GNU公共许可证条款下发布的开源软件。
We describe the new Pathways plugin for the molecular visualization program VMD. The plugin identifies and visualizes tunneling pathways and pathway families in biomolecules and calculates relative electronic couplings. The plugin includes unique features to estimate the importance of individual atoms for mediating the coupling, to analyze the coupling sensitivity to thermal motion, and to visualize pathway fluctuations. The Pathways plugin is open source software distributed under the terms of the GNU public license.
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影响因子：
15
作者：
BETTS, JN;BERATAN, DN;ONUCHIC, JN
通讯作者：
ONUCHIC, JN
影响因子：
56.9
作者：
BERATAN, DN;BETTS, JN;ONUCHIC, JN
通讯作者：
ONUCHIC, JN
DOI：
10.1073/pnas.0914457107
发表时间：
2010-06-29
影响因子：
11.1
作者：
de la Lande, Aurelien;Babcock, Nathan S.;Salahub, Dennis R.
通讯作者：
Salahub, Dennis R.
影响因子：
3.3
作者：
Wolfgang, J;Risser, SM;Beratan, DN
通讯作者：
Beratan, DN
影响因子：
18.3
作者：
Beratan, David N.;Skourtis, Spiros S.;Balabin, Ilya A.;Balaeff, Alexander;Keinan, Shahar;Venkatramani, Ravindra;Xiao, Dequan
通讯作者：
Xiao, Dequan