Resolving the contributions of two cooperative mechanisms to the DNA binding of AGT.
Resolving the contributions of two cooperative mechanisms to the DNA binding of AGT.
复制标题
解决了两种合作机制对AGT的DNA结合的贡献。
DOI：
10.1002/bip.22684
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发表时间：
2015-09
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
Fried, Michael G.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Melikishvili, Manana;Fried, Michael G.
O6-烷基鸟嘌呤 DNA 烷基转移酶 (AGT) 是一种 DNA 修复酶，以中等协同性结合 DNA。这种协同作用对于寻找烷基化碱基非常重要。 AGT 与 DNA 协同复合物的结构模型预测了最近的蛋白质邻居之间的短程相互作用以及阵列中分离的蛋白质之间的长程相互作用。 DNA 底物范围从 11bp 到 30bp，使我们能够利用结合化学计量的差异来解决短程和长程蛋白质对 AGT 复合物稳定性的贡献。我们发现 ΔG°coop 的短程成分几乎与 DNA 长度和蛋白质堆积密度无关。相比之下，长程成分随 DNA 长度振荡，周期等于封闭的结合位点大小 (4bp)。随着协作单元的大小从 4 个蛋白质增加到 7 个，长程分量的幅度从 ∼−4 kcal/mol 相互作用衰减到 ∼−1.2 kcal/mol 相互作用，这表明存在一种限制协作簇大小的机制。这些特征使我们能够对体内 AGT 分布以及与染色质结构的相互作用做出可测试的预测。 © 2015 作者《生物聚合物》，由 Wiley periodicals, Inc. 出版。《生物聚合物》103：509–516，2015 年。
The O6‐alkylguanine DNA alkyltransferase (AGT) is a DNA repair enzyme that binds DNA with moderate cooperativity. This cooperativity is important for its search for alkylated bases. A structural model of the cooperative complex of AGT with DNA predicts short‐range interactions between nearest protein neighbors and long‐range interactions between proteins separated in the array. DNA substrates ranging from 11bp to 30bp allowed us to use differences in binding stoichiometry to resolve short‐ and long‐range protein contributions to the stability of AGT complexes. We found that the short‐range component of ΔG°coop was nearly independent of DNA length and protein packing density. In contrast the long‐range component oscillated with DNA length, with a period equal to the occluded binding site size (4bp). The amplitude of the long‐range component decayed from ∼−4 kcal/mole of interaction to ∼−1.2 kcal/mol of interaction as the size of cooperative unit increased from 4 to 7 proteins, suggesting a mechanism to limit the size of cooperative clusters. These features allow us to make testable predictions about AGT distributions and interactions with chromatin structures in vivo. © 2015 The Authors Biopolymers Published by Wiley Periodicals, Inc. Biopolymers 103: 509–516, 2015.
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