MODEST: a web-based design tool for oligonucleotide-mediated genome engineering and recombineering.
MODEST: a web-based design tool for oligonucleotide-mediated genome engineering and recombineering.
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DOI：
10.1093/nar/gku428
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发表时间：
2014-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Sommer MO
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bonde MT;Klausen MS;Anderson MV;Wallin AI;Wang HH;Sommer MO
基因工程和多重自动化基因组工程（法师）提供了以高效率快速修饰多个基因组或质粒位点的可能性。这使得能够有效地产生遗传变体，包括具有特异性靶向修饰的单一突变体以及组合细胞文库。这些方法的寡核苷酸的手动设计可能是繁琐的、耗时的，并且对于靶向许多基因组位点的较大项目可能不实用。目前，从期望的表型（例如特定蛋白质的改变的表达）到设计的法师寡核苷酸的改变（其赋予相应的遗传改变）是手动进行的。为了应对这些挑战，我们开发了法师寡核苷酸设计工具（MODEST）。这种基于网络的工具允许设计法师寡核苷酸，用于（i）通过修饰核糖体结合位点来调节翻译速率，（ii）产生翻译基因敲除和（iii）引入其他编码或非编码突变，包括氨基酸取代、插入、缺失和点突变。该工具根据用户定义的所需基因型或表型变化自动设计寡核苷酸，可用于高效重组工程和法师。MODEST是免费提供的，并在http://modest.biosustain.dtu.dk向所有用户开放。
Recombineering and multiplex automated genome engineering (MAGE) offer the possibility to rapidly modify multiple genomic or plasmid sites at high efficiencies. This enables efficient creation of genetic variants including both single mutants with specifically targeted modifications as well as combinatorial cell libraries. Manual design of oligonucleotides for these approaches can be tedious, time-consuming, and may not be practical for larger projects targeting many genomic sites. At present, the change from a desired phenotype (e.g. altered expression of a specific protein) to a designed MAGE oligo, which confers the corresponding genetic change, is performed manually. To address these challenges, we have developed the MAGE Oligo Design Tool (MODEST). This web-based tool allows designing of MAGE oligos for (i) tuning translation rates by modifying the ribosomal binding site, (ii) generating translational gene knockouts and (iii) introducing other coding or non-coding mutations, including amino acid substitutions, insertions, deletions and point mutations. The tool automatically designs oligos based on desired genotypic or phenotypic changes defined by the user, which can be used for high efficiency recombineering and MAGE. MODEST is available for free and is open to all users at http://modest.biosustain.dtu.dk.
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影响因子：
5.6
作者：
Sawitzke JA;Costantino N;Li XT;Thomason LC;Bubunenko M;Court C;Court DL
通讯作者：
Court DL
DOI：
10.1073/pnas.121164898
发表时间：
2001-06-05
影响因子：
11.1
作者：
Ellis, HM;Yu, DG;Court, DL
通讯作者：
Court, DL
Biopython：用于计算分子生物学和生物信息学的免费 Python 工具。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp163
发表时间：
2009-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Cock PJ;Antao T;Chang JT;Chapman BA;Cox CJ;Dalke A;Friedberg I;Hamelryck T;Kauff F;Wilczynski B;de Hoon MJ
通讯作者：
de Hoon MJ
影响因子：
4.7
作者：
DiCarlo, James E.;Conley, Andrew J.;Penttila, Merja;Jantti, Jussi;Wang, Harris H.;Church, George M.
通讯作者：
Church, George M.
使用 lambda Red 重组工程方法进行菠萝泛菌的基因工程。
影响因子：
--
作者：
Katashkina JI;Hara Y;Golubeva LI;Andreeva IG;Kuvaeva TM;Mashko SV
通讯作者：
Mashko SV