The Calculus of Looping Sequences
The Calculus of Looping Sequences
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循环序列的演算
DOI：
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发表时间：
2008
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
Giovanni Pardini
中科院分区：
文献类型：
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作者：
R. Barbuti;G. Caravagna;A. Maggiolo;P. Milazzo;Giovanni Pardini
我们描述了循环序列演算（CLS），它适用于对微生物系统及其进化进行建模。我们提出了两个扩展：带链接的 CLS (LCLS) 和随机 CLS。 LCLS 在较低抽象级别（即域级别）简化了蛋白质相互作用的描述。随机 CLS 允许我们描述建模系统的定量方面，例如化学反应的频率。作为应用于真实生物系统的示例，我们展示了大肠杆菌中乳糖操纵子的活性和铜绿假单胞菌中群体感应过程的模拟，两者均使用随机 CLS 进行描述。
We describe the Calculus of Looping Sequences (CLS) which is suitable for modeling microbiological systems and their evolution. We present two extensions, CLS with links (LCLS) and Stochastic CLS. LCLS simplifies the description of protein interaction at a lower level of abstraction, namely at the domain level. Stochastic CLS allows us to describe quantitative aspects of the modeled systems, such as the frequency of chemical reactions. As examples of application to real biological systems, we show the simulation of the activity of the lactose operon in E.coli and the quorum sensing process in P.aeruginosa, both described with Stochastic CLS.