Sputum Bacterial and Fungal Dynamics during Exacerbations of Severe COPD.
Sputum Bacterial and Fungal Dynamics during Exacerbations of Severe COPD.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0130736
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发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Zhang GX
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Su J;Liu HY;Tan XL;Ji Y;Jiang YX;Prabhakar M;Rong ZH;Zhou HW;Zhang GX
住院患者重症慢性阻塞性肺疾病（COPD）急性加重期间微生物群落结构的变化在很大程度上仍未表征。因此，进一步研究慢性阻塞性肺病急性加重期（AECOPD）患者痰中微生物群落的时间动态和结构仍有必要。在我们的研究中，分子微生物学技术的使用为AECOPD患者住院期间的真菌和细菌多样性提供了见解。特别地，我们利用条形码引物和Illumina测序平台，通过扩增16S rRNA V4超变区和内部转录间隔区（ITS） DNA区域，研究了6例严重AECOPD患者肺部微生物群落的结构和多样性。序列分析显示，共有20个不同门的261个细菌属，平均每例患者的细菌属数为1557个，显示出较高的多样性。不动杆菌、普雷沃氏菌、奈瑟菌、罗氏菌、乳杆菌、细毛菌、链球菌、细络菌和放线菌是最常见的属，平均每个痰样品的总测序数为100万个18S ITS序列。真菌种群以念珠菌、单胞菌、曲霉、青霉、枝孢菌和真霉属为主。我们的研究结果强调慢性阻塞性肺病患者在住院期间具有个性化的痰微生物群落结构和多样性。
The changes in the microbial community structure during acute exacerbations of severe chronic obstructive pulmonary disease (COPD) in hospitalized patients remain largely uncharacterized. Therefore, further studies focused on the temporal dynamics and structure of sputum microbial communities during acute exacerbation of COPD (AECOPD) would still be necessary. In our study, the use of molecular microbiological techniques provided insight into both fungal and bacterial diversities in AECOPD patients during hospitalization. In particular, we examined the structure and varieties of lung microbial community in 6 patients with severe AECOPD by amplifying 16S rRNA V4 hyper-variable and internal transcribed spacer (ITS) DNA regions using barcoded primers and the Illumina sequencing platform. Sequence analysis showed 261 bacterial genera representing 20 distinct phyla, with an average number of genera per patient of >157, indicating high diversity. Acinetobacter, Prevotella, Neisseria, Rothia, Lactobacillus, Leptotrichia, Streptococcus, Veillonella, and Actinomyces were the most commonly identified genera, and the average total sequencing number per sputum sample was >10000 18S ITS sequences. The fungal population was typically dominated by Candia, Phialosimplex, Aspergillus, Penicillium, Cladosporium and Eutypella. Our findings highlight that COPD patients have personalized structures and varieties in sputum microbial community during hospitalization periods.
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