A model for the effect of homologous recombination on microbial diversification.
A model for the effect of homologous recombination on microbial diversification.
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DOI：
10.1093/gbe/evr110
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发表时间：
2011
影响因子：
3.3
通讯作者：
Buckley DH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Doroghazi JR;Buckley DH
同源重组(HR)对微生物基因组进化的影响仍然存在争议，因为相互竞争的假说试图解释微生物物种的进化动力学。微生物基因组之间存在HR的证据是普遍存在的，这一过程被认为是一种凝聚力，可以限制微生物谱系的多样性。我们试图刻画共域种群的进化动态，以探索HR对微生物物种形成的影响。我们描述了一个简单的方程来量化HR对微生物种群的凝聚力效应作为它们核苷酸分歧的函数，μ/ρ=πG10−20πg。该模型用一个向前时间微生物种群模拟器进行了验证，该模拟器可以在不重叠的生态位空间中探索共面种群的进化动态。该模型还使用来自一系列微生物物种的多位点序列数据进行了评估，为将它们划分为紧密重组或克隆发散的谱系提供了标准。我们的结论是，看起来相互矛盾的微生物多样性模型可以统一地解释为少数种群参数变化的自然和可预测的结果。
The effect of homologous recombination (HR) on the evolution of microbial genomes remains contentious as competing hypotheses seek to explain the evolutionary dynamics of microbial species. Evidence for HR between microbial genomes is widespread, and this process has been proposed to act as a cohesive force that can constrain the diversification of microbial lineages. We seek to characterize the evolutionary dynamics of sympatric populations to explore the impact of HR on microbial speciation. We describe a simple equation for quantifying the cohesive effect of HR on microbial populations as a function of their nucleotide divergence, μ/ρ = πg10 − 20 πg. The model was verified using a forward-time microbial population simulator that can explore the evolutionary dynamics of sympatric populations in nonoverlapping niche space. The model was also evaluated using multilocus sequence data from a range of microbial species, providing criteria for dividing them into either cohesively recombining or clonally diverging lineages. We conclude that models of microbial diversification that appear contradictory can be explained in a unified manner as the natural and predictable consequence of variation in a small number of population parameters.
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影响因子：
2.6
作者：
Feil, EJ;Enright, MC;Spratt, BG
通讯作者：
Spratt, BG
DOI：
10.1098/rstb.2006.1920
发表时间：
2006-11-29
影响因子：
6.3
作者：
Konstantinidis, Konstantinos T.;Ramette, Alban;Tiedje, James M.
通讯作者：
Tiedje, James M.
影响因子：
3.2
作者：
Caro-Quintero, Alejandro;Rodriguez-Castano, Gina P.;Konstantinidis, Konstantinos T.
通讯作者：
Konstantinidis, Konstantinos T.
影响因子：
3.3
作者：
Nesbo, CL;Dlutek, M;Doolittle, WF
通讯作者：
Doolittle, WF
DOI：
10.1098/rstb.1995.0002
发表时间：
1995-01-30
影响因子：
6.3
作者：
RAO, BJ;RADDING, CM
通讯作者：
RADDING, CM