FlashFry: a fast and flexible tool for large-scale CRISPR target design.
FlashFry: a fast and flexible tool for large-scale CRISPR target design.
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DOI：
10.1186/s12915-018-0545-0
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发表时间：
2018-07-05
期刊：
影响因子：
5.4
通讯作者：
Shendure J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
McKenna A;Shendure J
全基因组敲除研究、非编码删除扫描和其他大规模研究需要一个简单且轻量级的框架，该框架可以快速发现并评分数千个针对任意 DNA 序列的候选 CRISPR 指南。虽然存在多种 CRISPR Web 应用程序，但仍需要一种高通量工具来快速发现和处理数十万个 CRISPR 靶标。在这里，我们介绍 FlashFry，这是一种快速、灵活的命令行工具，用于表征大量 CRISPR 靶序列。借助 FlashFry，用户可以指定假定的脱靶的不匹配数量，对发现的站点进行丰富的注释，并使用常用的在靶和脱靶评分指标来标记潜在的指南。 FlashFry 的运行速度与常用的全基因组序列比对器相当，并且输出以易于操作的文本文件形式提供。 FlashFry 是一种快速、方便的命令行工具，用于发现大型 DNA 序列中的 CRISPR 靶点并对其进行评分。
Genome-wide knockout studies, noncoding deletion scans, and other large-scale studies require a simple and lightweight framework that can quickly discover and score thousands of candidate CRISPR guides targeting an arbitrary DNA sequence. While several CRISPR web applications exist, there is a need for a high-throughput tool to rapidly discover and process hundreds of thousands of CRISPR targets. Here, we introduce FlashFry, a fast and flexible command-line tool for characterizing large numbers of CRISPR target sequences. With FlashFry, users can specify an unconstrained number of mismatches to putative off-targets, richly annotate discovered sites, and tag potential guides with commonly used on-target and off-target scoring metrics. FlashFry runs at speeds comparable to commonly used genome-wide sequence aligners, and output is provided as an easy-to-manipulate text file. FlashFry is a fast and convenient command-line tool to discover and score CRISPR targets within large DNA sequences.
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DOI：
10.1038/nrc1299
发表时间：
2004-03
期刊：
Nature reviews. Cancer
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
46.9
作者：
Doench JG;Fusi N;Sullender M;Hegde M;Vaimberg EW;Donovan KF;Smith I;Tothova Z;Wilen C;Orchard R;Virgin HW;Listgarten J;Root DE
通讯作者：
Root DE
DOI：
10.1126/science.aah7111
发表时间：
2017-01-06
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Liu SJ;Horlbeck MA;Cho SW;Birk HS;Malatesta M;He D;Attenello FJ;Villalta JE;Cho MY;Chen Y;Mandegar MA;Olvera MP;Gilbert LA;Conklin BR;Chang HY;Weissman JS;Lim DA
通讯作者：
Lim DA
影响因子：
46.9
作者：
Tsai, Shengdar Q.;Zheng, Zongli;Nguyen, Nhu T.;Liebers, Matthew;Topkar, Ved V.;Thapar, Vishal;Wyvekens, Nicolas;Khayter, Cyd;Iafrate, A. John;Le, Long P.;Aryee, Martin J.;Joung, J. Keith
通讯作者：
Joung, J. Keith
DOI：
10.1126/science.aaf7907
发表时间：
2016-07-29
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
McKenna A;Findlay GM;Gagnon JA;Horwitz MS;Schier AF;Shendure J
通讯作者：
Shendure J