Spatiotemporally-resolved mapping of RNA binding proteins via functional proximity labeling reveals a mitochondrial mRNA anchor promoting stress recovery.
Spatiotemporally-resolved mapping of RNA binding proteins via functional proximity labeling reveals a mitochondrial mRNA anchor promoting stress recovery.
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通过功能接近标记对RNA结合蛋白的空间分辨映射揭示了线粒体mRNA锚固，可促进应力恢复。
DOI：
10.1038/s41467-021-25259-2
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发表时间：
2021-08-17
影响因子：
16.6
通讯作者：
Ting AY
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Qin W;Myers SA;Carey DK;Carr SA;Ting AY
接近标记（PL）与遗传靶向混杂酶已成为一个强大的工具，无偏倚的蛋白质组发现。通过将PL的时空特异性与功能蛋白富集方法相结合，我们表明有可能在活细胞的不同区室中绘制特定的蛋白质亚类。特别是，我们开发了一种通过将过氧化物酶催化的PL与交联蛋白-RNA复合物（“APEX-PS”）的有机水相分离相结合来富集亚室特异性RNA结合蛋白（rbp）的方法。我们使用APEX-PS生成核、核仁和线粒体外膜（OMM） rbp的数据集，这些数据集可以用于挖掘新的功能。例如，我们发现在翻译应激期间，OMM RBP SYNJ2BP在OMM保留了特定的核编码线粒体mrna，促进了它们在应激恢复期间的局部翻译和蛋白质产物进入线粒体的进口。一般来说，功能性PL，特别是APEX-PS，代表了在特定亚细胞区室中发现具有新功能的蛋白质的多种方法。邻近标记用于绘制和发现特定亚细胞区室中的蛋白质。在这里，作者将apex介导的接近标记与有机水相分离相结合，以鉴定核、核仁和线粒体外膜RNA结合蛋白。
Proximity labeling (PL) with genetically-targeted promiscuous enzymes has emerged as a powerful tool for unbiased proteome discovery. By combining the spatiotemporal specificity of PL with methods for functional protein enrichment, we show that it is possible to map specific protein subclasses within distinct compartments of living cells. In particular, we develop a method to enrich subcompartment-specific RNA binding proteins (RBPs) by combining peroxidase-catalyzed PL with organic-aqueous phase separation of crosslinked protein-RNA complexes (“APEX-PS”). We use APEX-PS to generate datasets of nuclear, nucleolar, and outer mitochondrial membrane (OMM) RBPs, which can be mined for novel functions. For example, we find that the OMM RBP SYNJ2BP retains specific nuclear-encoded mitochondrial mRNAs at the OMM during translation stress, facilitating their local translation and import of protein products into the mitochondrion during stress recovery. Functional PL in general, and APEX-PS in particular, represent versatile approaches for the discovery of proteins with novel function in specific subcellular compartments. Proximity labeling is used to map and discover proteins in specific subcellular compartments. Here the authors combine APEX-mediated proximity labeling with organic-aqueous phase separation to identify nuclear, nucleolar, and outer mitochondrial membrane RNA binding proteins.
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