UCSF Chimera, MODELLER, and IMP: an integrated modeling system.
UCSF Chimera, MODELLER, and IMP: an integrated modeling system.
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DOI：
10.1016/j.jsb.2011.09.006
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发表时间：
2012-09
影响因子：
3
通讯作者：
Ferrin, Thomas E.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yang, Zheng;Lasker, Keren;Schneidman-Duhovny, Dina;Webb, Ben;Huang, Conrad C.;Pettersen, Eric F.;Goddard, Thomas D.;Meng, Elaine C.;Sali, Andrej;Ferrin, Thomas E.
关键词：
大分子复合物的结构建模极大地受益于交互式可视化功能。在这里，我们提出了几个建模工具集成到UCSF嵌合体。其中包括MODELLER的比较建模，IMP MultiFit将多个组分同时拟合到电子显微镜密度图中，IMP FoXS计算小角X射线散射曲线并拟合相应的实验曲线，以及Chimera基于旋转异构体概率和局部相互作用评估氨基酸侧链构象。
Structural modeling of macromolecular complexes greatly benefits from interactive visualization capabilities. Here we present the integration of several modeling tools into UCSF Chimera. These include comparative modeling by MODELLER, IMP simultaneous fitting of multiple components into electron microscopy density maps by IMP MultiFit, computing of small-angle X-ray scattering profiles and fitting of the corresponding experimental profile by IMP FoXS, and assessment of amino acid sidechain conformations based on rotamer probabilities and local interactions by Chimera.
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影响因子：
5.6
作者：
Foerster, Friedrich;Webb, Benjamin;Krukenberg, Kristin A.;Tsuruta, Hiro;Agard, David A.;Sali, Andrej
通讯作者：
Sali, Andrej
影响因子：
9.8
作者：
Egile C;Rouiller I;Xu XP;Volkmann N;Li R;Hanein D
通讯作者：
Hanein D
影响因子：
2.9
作者：
Guharoy, Mainak;Janin, Joel;Robert, Charles H.
通讯作者：
Robert, Charles H.
影响因子：
5.6
作者：
Lasker, Keren;Topf, Maya;Wolfson, Haim J.
通讯作者：
Wolfson, Haim J.
影响因子：
5.7
作者：
Goddard, TD;Huang, CC;Ferrin, TE
通讯作者：
Ferrin, TE