Detection of single nucleotide polymorphisms by PCR conformation-difference gel electrophoresis
Detection of single nucleotide polymorphisms by PCR conformation-difference gel electrophoresis
复制标题
PCR构象差异凝胶电泳检测单核苷酸多态性
DOI：
10.1007/s10529-012-1115-0
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发表时间：
2012-12
影响因子：
2.7
通讯作者：
Wan, Fusheng
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liu, Zhuoqi;Yu, Lehan;Zeng, Erming;Wan, Fusheng
人类基因组中最常见的遗传变异，单核苷酸多态性（SNP），是理想的生物标志物，广泛用于疾病研究。本文介绍了一种新的检测SNPs的方法--PCR-CDGE。PCR-CDGE的原理依赖于来自不同纯合DNA样品的PCR产物由于它们的构象差异而在PAGE上显示不同的迁移模式。由于杂合DNA的存在，其PCR产物在PAGE中可显示两条或多条带。本研究通过对两个SNP位点的分析表明，PCR-CDGE是一种准确、简便、快速、低成本、高通量的基因分型方法，可以在大多数实验室中使用。
The most common genetic variations in the human genome, single nucleotide polymorphisms (SNPs), are ideal biomarkers and are used extensively in disease research. Here we introduce a novel method of PCR-conformation-difference gel electrophoresis (PCR-CDGE) used for detecting SNPs. The principle of PCR-CDGE relies PCR products from different homozygous DNA samples showing dissimilar migration patterns upon PAGE due to their conformational differences. PCR products from heterozygous DNA samples may exhibit two or more bands in PAGE because of the existence of DNA homoduplexes and heteroduplexes. In this study, analysis of two SNPs showed that PCR-CDGE is an accurate, simple, rapid, low-cost, and high-throughput genotyping method that could be used in most laboratories.
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M. Lanciotti;Carlo Dufour;L. Corral;P. D. Michele;Simona Pigullo;G. Rossi;Giuseppe Basso;A. Leszl;Matteo Luciani;L. L. Nigro-L.;C. Micalizzi;M. Valsecchi;A. Biondi;Riccardo Haupt