Utility library for structural bioinformatics
Utility library for structural bioinformatics
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btm627
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发表时间：
2008-02-15
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Kolinski, Andrzej
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gront, Dominik;Kolinski, Andrzej
在这本笔记中，我们提出了一个新的结构生物信息学软件库。该库包含程序，计算基于序列和轮廓的比对，以及各种结构计算，并对各种数据格式进行用户友好的处理。软件组织非常灵活。算法是用Java语言编写的，可以由Java程序使用。此外，还可以从Jython(用Java实现的Python脚本语言)脚本访问这些模块。最后，新版本的BioShell提供了几个实用程序，可以从命令行级别执行典型的生物信息学任务。
In this Note we present a new software library for structural bioinformatics. The library contains programs, computing sequence- and profile-based alignments and a variety of structural calculations with user-friendly handling of various data formats. The software organization is very flexible. Algorithms are written in Java language and may be used by Java programs. Moreover the modules can be accessed from Jython (Python scripting language implemented in Java) scripts. Finally, the new version of BioShell delivers several utility programs that can do typical bioinformatics task from a command-line level.